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由于西方的知识和信仰有各自不同起源和机理，因此科学与精神的冲突不可能在西方文明内部彻底根除。随着世界进入跨文化时代，科学与精神的关系也步入新境地。原本在西方存在的二元对立，到发展中国家则表现为现代科学文化与当地传统文化间的矛盾。
为协调这些矛盾，一要寻求对科学的健全理解，从单科学模式走向多科学模式；二要实现不同文明间的相互开放；三是发展中国家自觉地保护自己的文化；四是坚持科学与精神关系的阴阳互动模式，通过建设性的交锋与交融，建设充满多样化色彩与创造性活力的和谐世界。