大豆属于豆科(Leguminosae)蝶形花亚科(Papiliomatae)菜豆族下的一个小属.一年生野生大豆(Glycine soja)和栽培大豆(G.max)是分属于大豆属的两个种.一年生野生大豆(G.soja)是栽培大豆(G.max)的直接祖先,是我国作物资源中的宝贵财富.野生大豆在自然条件的选择下,形成了极其丰富的变异类型,其中可能含有大豆生产中迫切需要的关键性基因,是开展新品种选育和生物技术研究的丰富的基因资源库.栽培大豆起源于中国,有五千多年的栽培历史,而且栽培大豆与一年生野生大豆的分布都极为广泛.自然发生的DNA甲基化多样性已经在拟南芥、水稻、棉花和豌豆中发现.研究证实这些物种的种内和种间都存在广泛的DNA甲基化多态性,而且这种表观遗传变异在品系或品种间都非常保守,并且可稳定遗传给后代.表明DNA甲基化多态性受自然选择压力的影响,与物种进化和作物改良均存在相关性.本研究采用来自全国的20份一年生野生大豆和27份栽培大豆为材料,进行DNA甲基化多样性和遗传多样性研究.结果表明,一年生野生大豆和栽培大豆的甲基化敏感多态性和甲基化不敏感多态性分别为34.65 ％vs.47.05％和34.76％ vs.47.15％,表明无论是MSP还是MISP,栽培大豆均高于野生大豆,而AFLP则表现为野生大豆的多样性高于栽培大豆.根据这三类分子标记生成的聚类图,均可将上述材料分为两个明显的群体,且每个群体均主要由野生大豆或栽培大豆组成.此外,MSAP聚类分析暗示存在物种特异的表观遗传多态性,并可稳定遗传.但是,由于野生大豆和栽培大豆之间的渐渗现象,使得聚类分析中有个别栽培大豆与野生大豆聚为一类.相关性分析结果表明,MSP和MISP以及MSP和AFLP之间没有相关性,说明表观遗传多态与遗传多态形成和/或维持的机制是不相同的.此后,使用中国7个野生大豆原位保护区的野生大豆天然群体作为研究对象,在大、中、小三个空间地理距离尺度上开展了DNA甲基化多样性研究.结果表明,野生大豆天然群体的表观遗传变异比遗传变异更丰富,不完全依赖于遗传而独立发生,在野生大豆进化中起了重要作用.在野生大豆"居群尺度"上,野生大豆的遗传距离与表观遗传距离随着空间地理距离的增大而缓慢增大.随着空间地理距离的增大,表观遗传距离增加的速率大于遗传距离增加的速率,暗示微环境的差异可能是造成表观遗传变异的主要动力(未发表).