奥尔托喀讷什锰矿位于新疆克孜勒苏柯尔克孜自治州阿克陶县木吉乡。大地构造位于西昆仑与塔里木结合部位，含锰岩系沿昆北构造带玛尔坎苏晚古生代弧后裂谷盆地分布。昆北构造带位于古特提斯洋北缘，石炭纪之后，古特提斯洋壳向北俯冲消减，在昆北构造带南缘发育火山岛弧，在山前苦阿一带形成变质中性、中酸性火山岩。在晚石炭纪，西昆仑玛尔坎苏地区在弧后裂谷盆地浅海相陆棚环境，依次沉积了生物碎屑灰岩、长石砂岩及泥晶灰岩，在局部低洼地段静水环境泥质和有机质含量较高。同时，存在大量海底热水活动，海底热水携带大量Mn2+运移至该低洼地段中，碳酸锰沉积成矿。在新近纪晚期陆内造山阶段，西昆仑严重挤压，玛尔坎苏地区整体发生推覆，使得晚石炭世含锰岩系发生大规模褶皱，形成背斜以及倒转向斜为主的构造。矿体受后期构造影响，与顶、底板含炭灰岩的接触带多发生滑脱、碎裂，充填大量后期方解石脉，并同时在脉中形成蔷薇辉石。