胭脂鱼(Myxocyprinus asiaticus)(Bleeker)为长江流域鱼类资源保护区中重要的人工增殖放流种类,但随着放流量的逐渐增大,在其苗种生产中部分人工繁育子一代,甚至子二代的个体已被用作人工繁殖亲本,极易造成近亲繁殖而导致苗种遗传质量下降.本研究采用线粒体控制区和微卫星分子标记,对四川省水产研究所郫县和宜宾两个基地113尾胭脂鱼亲鱼的遗传多样性进行了分析,以期为其人工繁殖亲本的遗传资源管理提供参考资料.微卫星分析表明,郫县亲本群体的观察杂合度(H0)、染色体随机分离情况下的期望杂合度(He(Ce))、染色单体随机分离情况下的期望杂合度(He (Cd))、多态信息含量(PIC)分别为0.683、0.824、0.769、0493,宜宾群体分别为0.576、0.754、0.655、0.443.线粒体控制区分析表明,郫县群体的变异位点(v),单倍型数(H),单倍型多样性(h),核苷酸多样性(π),平均核苷酸差异数(K)分别为73、20、0.85360、0.03075、29.79855；宜宾群体分别为68、12、0.82579、0.02342、22.57843.遗传多样性指数分析显示郫县种群的遗传多样性要略好于宜宾种群.与2012年采集的长江木洞段及泸州段的野生种群相比,四川省水产所两个基地的亲本遗传多样性基本一致.今后人工繁育中应尽量避免近交,并与其它繁育基地的人工繁殖亲本多进行基因交流,避免种质资源的退化.