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MicroRNA(miRNA)是生物体内一类长度约为22个核苷酸的非编码内源性小分子RNA,参与体内一系列发育和代谢等重要的生理生化过程的负调控作用。miRNA在进化上具有保守性,许多同源序列都可以在亲缘关系相近的物种中找到,甚至在一些亲缘关系较远的物种中也有发现,随着人类以及一些模式生物基因组的测序完成,越来越多的miRNA被发现。越来越多的miRNA特征被挖掘出来,使得计算机预测方法日益普遍。
本文采用生物信息学和分子生物学结合的方法,利用miRbase上已知的miRNA,通过保守性以及一系列二级结构特征对斜纹夜蛾EST进行筛选,然后采用stem-loop RT-PCR方法对预测的结果进行分析验证,并分析部分miRNA在不同时期和组织的表达情况,通过挖掘miRNA的靶基因来初步预测它们的功能。这将丰富我们对斜纹夜蛾生长发育分子调控的认识,并为发展害虫防治新策略提供理论依据。主要结果如下:
1.在斜纹夜蛾EST中共鉴定出58个保守的miRNA序列,经过mfold分析绝大部分预测的miRNA序列都能形成miRNA典型的发央环状二级结构,这些miRNA分子与已知的昆虫miRNA有着较高的同源性。
2.通过与昆虫已知的miRNA同源序列的同源性分析,发现这58个miRNA形成46个基因家族,其中miR-1890、miR-928、maR-283、miR-33和miR-279分别有个2、3、3、2和2个成员,而其他miRNA家族只有一个成员。
3.我们发现一些miRNA属于同一个基因家族却有不同的长度,例如sli-miR-33a和sli-miR-33b,并通过靶基因搜索,发现他们的功能可能不相同,这可能是由于miRNA不同的剪切方式而使其获得不同的功能。
4.在斜纹夜蛾miRNA中发现sli-miR-3392和sli-miR-1814a基因簇存在于同一个EST上。
5.通过对11个miRNA候选分子进行stem-loop RT-PCR分析,发现它们大部分在6龄幼虫期和蛹期表达,并在不同组织中存在着特异性表达情况。
6.对所鉴定的miRNA靶基因的预测分析表明,这11个miRNA所调节的靶序列可能参与了变态发育、细胞凋亡、新陈代谢和信号转导等生长发育中重要的生理过程。这些靶基因涉及成虫盘翅膀边缘细胞生长、几丁质代谢途径和凋亡抑制蛋白等。
7.通过Southern blot验证,发现sli-miR-928b与sliCG2718、sliAtf-2和sliCG1776基因有杂交信号,推测它们可能是sli-miR-928b的靶基因,miRNA与靶位点的结合可能与靶基因3’UTR自身的高级结构有密切联系。