粪菌移植本质上是在认识微生物与疾病关系基础上,对传统中医药治疗方法的现代化应用,是近几年的医学突破.然而,在被评价为医学突破之前,这既不是技术的突破,也不是理论的突破,而是思维方式的突破.粪菌移植在近几年的应用中正经历突出的变化,包括治疗适应症、实验室方法学、治疗策略、给入路径等,特别是粪菌智能分离系统用于粪菌制备、经内镜肠道植管术用于结肠途径的重复移植等,为粪菌移植实现现代化奠定了关键性基础.中华粪菌库和Openbiome作为世界上最大的两个非营利性粪菌库,分别在中国和北美地区实施粪菌移植的异地救援性治疗.由于粪菌移植也存在局限性,研究用于部分替代粪菌移植的选择性菌群移植技术已经成为微生物学家和临床医学家的共同追求.选择性菌群移植与粪菌移植共同成为菌群移植的重要内涵,并促进新型益生菌的研究得以快速发展.菌群移植可望用于包括感染、免疫性疾病、肠脑轴疾病、肝病、肿瘤等多种疾病的治疗.虽然来自国内外大中心的数据支持菌群移植具有很高的安全性,但也不能忽略一些不良事件.菌群移植的安全性,特别是远期风险,需要通过大数据、长期真实世界研究来回答.本文主要涉及对菌群移植的新认识和研究进展,从中总结发现、思维与技术的共变,促进了粪菌移植向菌群移植发展.