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骨骼肌占到机体重的40%左右,任何的身体活动和体育活动,都是骨骼肌收缩完成。骨骼肌可以通过运动来增加肌纤维的大小,从而提高机体的力量和耐力。与此相反,衰老和久坐的生活习惯将导致肌纤维数量的减少和功能的紊乱,从而产生一系列的神经肌肉疾病。肌肉组织的生长发育过程受到很多表观遗传调控,如：DNA甲基化、组蛋白修饰、RAN干扰(RNAi)。DNA甲基化和组蛋白修饰主要影响基因的转录水平,而RNA干扰主要参与转录后调控。1niRNAs是RNA干扰家族中很重要的一员,它作为一类非编码RNA,在肌肉细胞分化和组织生长发育过程发挥重要作用。miRNAs的表达具有典型的时空特异性和组织特异性。猪(Sus scrofa)作为人类重要的蛋白质来源,除具有重要的经济价值外,也是医学研究中重要的肥胖和代谢模式动物,其体型、代谢特征和心血管系统都比啮齿动物的更接近人类。为了鉴定miRNAs在肌肉生长发育过程中的作用,本实验以5个不同时间段的骨骼肌为研究对象(胚胎90天：E90、新生儿：Od、出生后30d：30d、出生后180d：180d和出生后7年：7y),通过石蜡切片分析不同年龄段肌纤维直径的差异；利用miRNA-seq方法,鉴定新的miRNAs转录本；通过差异分析筛选出在骨骼肌生长阶段中差异表达的miRNAs;利用STEM(short time-series expression miner)对差异基因进行表达模式分析。利用石蜡切片对不同年龄段的骨骼肌肌纤维直径和体重分析结果表明,不同年龄段的猪肌纤维直径和体重呈现显著性差异P< 0.001, one-way ANOVA, n= 100)。猪骨骼肌肌纤维直径生长速率随着年龄的增加呈现显著性的降低(P<0.05),有趣的是,与肌纤维直径生长速率相比,猪体重的生长速率随着年龄的变化则呈现不一样的趋势,在180d前,猪体重生长速率随着年龄增加呈现显著性上升趋势(P<0.05),随后呈现显著性下降趋势(P<0.05)。血清生化指标结果表明,不同年龄段猪血清生化指标呈现显著性的差异(P<0.05)。有趣的是,本实验发现胆固醇(Cholesterol)和脂蛋白a (Lipoproteina)随着年龄的增加而增加,并在180d达到最高。利用高通量测序技术,本实验总共在9个miRNAs文库中发现936个miRNAs成熟体,对应着629个前体序列(pre-miRNAs),其中936个]miRNAs成熟体有404是数据库已经报道了的。此外,有118个miRNAs与数据库报道存在单碱基变异(miRNA*s),有286个miRNAs的序列与数据库内报道序列完全一致,101个保守1niRNA,新发现miRNAs 431条。本实验miRNAs累积分布结果发现,各文库表达量前10位的miRNA的拷贝数总和至少占据了各文库高质量reads的52.95%(E90)。利用IDEG6对9个文库的miRNA表达量进行标准化和差异显著性检验,本实验一共鉴定出505个(505 of 903,55.92%)差异表达的miRNA,其中有176个(167 of 505,33.07%)miRNA的拷贝数(reads)大于1000用于后续分析。利用IDEG6对5个年龄段骨骼肌中miRNA文库进行两两间比较,分析快速生长阶段(E90、Od和30d)和缓慢生长阶段(180d和7y)中高富集表达的miRNAs,一共鉴定出了17个在快速生长阶段(E90、0d和30d)和缓慢生长阶段(180d和7y)高富集表达的miRNAs,其中有10个1niRNAs在快速生长阶段特异性上调,7个1niRNAs在缓慢生长阶段(180d和7y)特异性上调。使用STEM软件对差异表达的miRNAs数据进行聚类和比较,167个差异miRNAs被聚为10种不同的表达模式,其中128个差异miRNAs显著富集于4种表达模式(表达模式1、2、3和4)(P<0.05). miRNAs做靶基因预测及GO和Pathway注释结果显示,在E90和0d中上调的miRNAs调控的基因主要富集于大分子物子合成过程和肌肉发育过程中,在7y中上调的miRNAs主要参与细胞凋亡和细胞程序性死亡过程。此外,9个具有代表性的差异：miRNAs被选择来验证测序结果可靠性,荧光定量PCR验证结果显示,荧光定量PCR与测序结果之间存在很高的一致性,平均皮尔逊相关系数达到0.875,充分验证了本研究中测序结果的可靠性。通过本实验的研究,不仅增加了猪肌肉组织中表达的候选miRNAs数目,而且还可以从miRNAs的角度初步分析了不同年龄段肌肉组织中的生物学调控通路差异。为猪肉质改良和研究人类年龄相关疾病提供一定理论依据。