【摘 要】
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该文在模拟蛋白质在固体表面吸附时采用刚体模型,将蛋白质的肽平面和侧链看成独立的刚体,即肽平面和侧链内部原子之间不发生作用,彼此相对位置在模拟过程中也不发生改变.而且
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该文在模拟蛋白质在固体表面吸附时采用刚体模型,将蛋白质的肽平面和侧链看成独立的刚体,即肽平面和侧链内部原子之间不发生作用,彼此相对位置在模拟过程中也不发生改变.而且冻结了成键原子之间高频振动,这样减少了计算量,提高了模拟速度.在求解刚体的动力学微分方程时,目前用来描述刚体姿态的方法都存在着数值性态差、有奇异点等问题.该文提出了描述刚体运动姿态的投影角参数,只需三个参数即可描述一个肽平面或侧链的取向状态.所采用的参数量最少,而且解决了奇异点问题.为了维持蛋白质链的整体结构,通过约束将相邻刚体连接在一起.通过将约束力合理分组,采用块状三对角矩阵求解约束力,使计算量大大减少.该文对聚十赖氨酸的吸附进行了分子动力学模拟,采用迭代方法确定约束力,效果很好.
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