2005年8月,胡锦涛总书记视察河南时明确提出“跨越战略”,把自主创新作为河南省的重大战略；2006年5月22日,为了实施自主创新跨越发展战略,增强我省自主创新能力,建设创新型河南,实施《河南省中长期科学和技术发展规划纲要(2006—2020年)》,并确定了建设创新型河南的总体目标；2009年出台《河南省自主创新体系建设和发展规划(2009—2020年)》,对河南省自主创新体系的建设给予了全面且深入的指导。河南省逐步将自主创新纳入重要的发展战略,在一系列政策指导和创新环境的支持下,河南省的自主创新资源的投入能力和自主创新成果的产出能力有了很大幅度的提高,但是与发达省份相比还存在一定的差距。从河南省提出自主创新到现在的7年时间期间,河南省的自主创新绩效水平、在全国的位置及与发达省份的差距是一个值得深究的问题。本文采用“纵横向”拉开档次方法评价河南省自主创新绩效水平。为了全面深入的分析,先将全国30个省市自治区的自主创新体系分为企业、高校和科研机构三个创新主体,从自主创新资源的投入能力和自主创新成果的产出能力两个方面依次对这三个主体的自主创新绩效进行评价研究,并对这30个省市自治区的绩效评价值进行排序,找出河南省企业、高校和科研机构的创新绩效在全国的排名、与发达省市的差距及其原因。最后对区域自主创新绩效进行总体分析,依然从创新资源的投入和创新成果的产出两个方面分析30个省市自治区的自主创新绩效,找出河南省总体的创新绩效在全国的排名及与发达省市的差距,从企业、高校和科研机构这三个方面寻找河南省绩效水平不高的原因。研究结果发现：企业的创新主体地位不突出是河南省大中型企业绩效水平低的主要原因；高校的自主创新绩效水平在河南省自主创新体系中是最高的,很大程度地拉动了河南省总体的创新绩效水平；科研机构的自主创新绩效水平在河南省自主创新体系中是最稳定的,整体呈现下降趋势；河南省自主创新绩效水平在全国处于中等水平,在中部六省处于中上等水平,2006-2010五年期间,河南省的自主创新绩效水平在全国排名分别为第18、17、14、13和13位,呈逐年上升趋势。运用最大序差、三种发展趋势类型和K均值聚类法分出的自主创新绩效水平高低的五大类,河南省属于自主创新绩效水平低的一类,变化类型为跳跃型,发展趋势类型为增长型。在这个自主创新绩效水平低的区域,河南省属于少有的潜力型,只要保持这个发展水平和速度,河南省自主创新绩效水平有望进入居中型甚至全国前三大类(超高、高和较高)。