红藻门中的很多类群都是经济海藻，在海藻工业、海藻化学、水产养殖中发挥着重要的作用。《中国海藻志》的陆续出版表明我国海藻传统分类学研究有着深厚的研究基础。近年来藻类分子系统学的研究开启了藻类分类学的另一扇大门，并取得了一系列重要的成果。然而，我国海藻分子系统学的研究基础却非常薄弱。为此，作者进行了多次野外红藻资源调查，样品采集点覆盖了我国四大海藻区系，采集样品1038号，共有133个物种成功扩增序列617条;其中，rbcL序列318条，分布在15目、30科、46属、91个物种（包括未确定种名的物种21个），COI序列299条，分布在13目、28科、50属、101个物种（包括未确定种名的物种25个）;这些序列为我国红藻分子系统学的研究提供了基础数据，也为全球其它相关海藻区系的红藻分子系统学研究提供了重要的参考资料。同时，揭示了11个分类单元将来可能描述为我国的新纪录种或新种。通过48个物种97个样品的rbcL+COI组合序列构建了我国红藻分子系统发育树，初步分析了我国海洋红藻类群目、科级的系统发育关系，从分子生物学的视角初步反映了我国海洋红藻系统的面貌，并由此跟随国际上藻类分类系统的变化，修订了8个分类单元。　　在以上分子系统发育分析的基础上，针对重要经济海藻石花菜目类群，系统的开展了形态学和分子系统发育学研究，分析了我国石花菜科、鸡毛菜科的种属关系。新增了我国石花菜目1个新记录属:阿凡达藻属Aphanta Tronchin&Freshwater，描述了4个新种，分别是红海湾石花菜Gelidium honghaiwanense G.C.Wang et X.L.Wang sp.nov.、杨梅坑石花菜Gelidiumyangmeikengense G.C.Wang et X.L.Wang sp.nov.、三亚石花菜Gelidium sanyaense G.C.Wang et X.L.Wang sp.nov.和亚洲阿凡达藻Aphanta asiaticaG.C.Wang et X.L.Wang sp.nov.;修订Gelidium tsengii为Gelidium johnstonii的同物异名;分析了细毛石花菜类群形态变异特征。通过构建我国石花菜目的分子系统进化树，揭示我国石花菜目类群应为3个科5个属，并在此基础上修订了我国石花菜目类群的分科检索表和分属检索表。