【摘 要】
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仔猪病毒性腹泻表现为急性腹泻、呕吐、严重脱水等症状,发病率高和死亡率高,对全球养猪业造成严重经济损失。引起仔猪腹泻的病毒主要有:猪传染性胃肠炎病毒（Transmissible Gastroenieritis virus,TGEV）、猪轮状病毒（porcine rotavirus,RVA）、猪流行性腹泻病毒（Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）、猪德尔塔病毒（P
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仔猪病毒性腹泻表现为急性腹泻、呕吐、严重脱水等症状,发病率高和死亡率高,对全球养猪业造成严重经济损失。引起仔猪腹泻的病毒主要有:猪传染性胃肠炎病毒（Transmissible Gastroenieritis virus,TGEV）、猪轮状病毒（porcine rotavirus,RVA）、猪流行性腹泻病毒（Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV）、猪德尔塔病毒（Porcine deltacoronavirus,PDCo V）、猪嵴病毒（Porcine kobuvirus,PKV）和猪捷申病毒（Porcine teschovirus,PTV）等多种病毒;仔猪病毒性腹泻通常表现为多病原混合感染,而且,这些病毒容易出现基因突变或重组,同时近年来不断出现引起仔猪腹泻的新病原,给仔猪腹泻类疾病的防控带来新的挑战。本研究对广东省8个地区11个猪场的43份仔猪腹泻样本进行二代高通量测序,运用宏基病毒组技术进行病毒多样性分析。测得10.78 Gb数据,结果显示reads注释到了除噬菌体以外的7个已知病毒科,分别分布在ss RNA,ss DNA和ds DNA,其中冠状病毒科占最大比例（57.8%）。对病毒reads进行拼接,拼接序列与非冗余参考蛋白数据库（nr）比对检测到12种病毒的序列。选定宏病毒组分析发现的PEDV、PDCo V、TGEV、PKV、PAst V、PBo V、PTV等7种病毒进行q RT-PCR的验证,并对PEDV阳性样本进行S1基因的克隆测序,分析PEDV S1基因的遗传进化和变异情况。研究结果显示,7种病毒均能检出,其中PEDV检出率高达95.3%（41/43）,PAst V检出率为16.2%（7/43）,PDCo V检出率为13.9%（6/43）,PKV检出率为9.3%（4/43）,PBo V检出率为5.65%（2/43）,TGEV检出率为5.65%（2/43）,PTV检出率为2.32%（1/43）。对41份PEDV阳性样本进行S1基因的扩增、克隆和测序分析,发现这些毒株均为变异毒株,出现了一种9个氨基酸位点变异;三维结构比对发现,9个氨基酸突变引起了S1蛋白NTD和COE区域的6个区域空间结构变化。使用猪睾丸细胞（ST细胞）对猪捷申病毒阳性样本进行猪捷申病毒的分离,并对其进行了IFA鉴定、TCID50测定,并进行了病毒全基因组序列测定。结果显示,成功分离并鉴定了1株猪捷申病毒,获得病毒全基因组序列,遗传进化分析显示该毒株为血清学2型,TCID50=107.25/0.1 m L。本研究利用宏病毒组技术对广东地区腹泻仔猪携带病毒情况进行系统分析,加深了广东地区仔猪腹泻相关病毒多样性的认识;同时发现一种9氨基酸突变的PEDV在广东地区流行,为PEDV的预防提供预警;从腹泻仔猪病料样本中分离出广东首株猪捷申病毒,为后续深入研究致病机理及防控措施奠定基础。
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