2012年党的“十八大报告”中明确提出“国防科技工业坚持走中国特色军民融合式的发展路子,坚持富国和强军相统一”。伴随着我国市场经济的不断发展和完善,军工科研事业单位运行机制和管理体制发生了巨大的变化,由主要面向国家拨款的事业单位逐渐转为面向市场、自主发展、实行企业化管理的市场主体,科研单位不仅需要完成国家任务,同时还肩负着创造经济效益、社会效益,实现经济的持续发展和国有资本的保值增值等任务。随着我国事业单位分类改革的推进,军工科研院所成为我国事业单位和国防科技工业的重要组成部分,军工科研院所的改革势在必行,建立健全科学合理的财务绩效评价体系,是推进科研院所分类改革和建立军民融合发展模式的前提。2006年5月国务院国有资产管理委员会发布了《中央企业综合绩效评价管理暂行办法》,将财务绩效评价作为中央企业绩效评价的重要组成部分,引导中央企业健康发展,该办法发挥着重要的作用。然而现行的办法中没有考虑到央企下属军工科研事业单位这一特殊群体,其财务绩效评价指标中没有反映军工科研事业单位的财务指标,而是将中央企业下属的军工科研事业单位财务报表按照企业报表的格式统一进行转换,再根据转换后企业报表中各指标值作为军工科研事业单位的财务绩效评价的依据。本文立足于央企下属军工科研事业单位这一特殊群体,结合军工科研事业单位财务报表转企这一独特视角,分析军工科研事业单位财务绩效评价的现状,并通过案例A研究所进一步论证军工科研事业单位财务绩效评价存在的问题,最后有针对性地提出几点建议:一是完善和补充财务绩效评价维度,丰富财务绩效评价的内容;二是改进事业单位报表转企规则,实现财务绩效评价结果的准确、可比;三是建立财务绩效评价的联动机制,保障财务绩效评价结果的应用。本文的不足主要表现在:首先,由于调研军工科研事业单位受外界环境影响,收集的数据资料较为有限,会在一定程度上影响本文的研究效果;其次,本文是在现状分析和案例分析问题的基础上提出改进建议,本人受所学知识的局限,分析不够完善,提出的改进建议的普遍适用性仍有待检验。