目的近年来对于扁桃体微生物学研究已经开展,而定植菌群被认为与慢性扁桃体炎和扁桃体肥大的病理改变密切相关,本文旨在使用16S r RNA高通量测序法来探究两种疾病不同组织灌洗液潜在的微生物定植菌群分布特点。方法选取扁桃体切除术后慢性扁桃体炎及扁桃体肥大组织,分别收集表皮与隐窝组织的冲洗液,进行16S RNA基因的PCR扩增及热测序,并且进行单个样本菌落结构、组间菌落结构以及差异性分析。结果所有样本均检测出菌群分布,包括Proteobacteria Firmicutes、Bacteroidetes、Fusobacteria、Spirochaetes、Epsilonbacteraeota、Actinobacteria、Tenericutes;两种疾病的隐窝菌群与表皮菌群种类相似;扁桃体肥大的表皮与隐窝有两种菌群存在不同,慢性扁桃体炎患者表皮与隐窝有8种菌落不同,均属厌氧菌;慢性扁桃体炎与扁桃体肥大有一种菌群存在差异性,为消化链球菌属。结论慢性扁桃体炎及扁桃体肥大均有复杂的菌落定植,厌氧菌更易定植与隐窝中,Peptostreptococcus可能参与反复炎症造成的扁桃体两种不同病理改变,慢性扁桃体炎与扁桃体肥大相比具有多微生物学性质。