隐孢子虫（Cryptosporidium spp.）和毕氏肠微孢子虫（Enterocytozoon bieneusi）是两种重要的人兽共患病原体，属于新发介水传染病病原。牛科动物被认为是导致人类感染隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫的重要传染源，但是我国至今对牛科动物感染这些病原体的研究甚少，并缺乏对其公共卫生意义的分析探讨。本研究采用基因分型技术对我国四种主要牛科动物（奶牛、肉牛、水牛和牦牛）进行隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫检测与鉴定，分析其虫种和基因型的分布和传播特征，并进一步评估对人的致病风险和公共卫生学意义。　　共采集1120份新鲜粪样，其中446份奶牛粪样来自河南省和山东省的4个养殖场，166份肉牛粪样来自河南省的3个养殖场，181份水牛粪样来自湖南省的4个养殖场，327份牦牛粪样来自青海省的4个养殖场。　　为对隐孢子虫进行检测和虫种鉴定，采用巢氏PCR扩增隐孢子虫SSU rRNA基因的方法，发现32.3％(144/446)的奶牛、26.5％(44/166)的肉牛、23.8％(43/181)的水牛和30.0％(98/327)的牦牛感染了隐孢子虫。经测序共发现96个C.andersoni，117个C.bovis，87个C.ryanae（含33个C.ryanae突变型），1个C.ubiquitum，1个C.xiao，2个C.suis-like genoytpe，1个新基因型（命名为隐孢子虫牦牛基因型），以及5个C.bovis和C.ryanae的混合感染。隐孢子虫在四种牛科动物中的优势虫种不同。在奶牛和肉牛中，C.bovis和C.andersoni是优势虫种;在水牛中，C.ryanae突变型是优势虫种;在牦牛中，C.bovis和C.ryanae是优势虫种。这些结果表明我国不同种类的牛科动物中可能存在不同的隐孢子虫传播特点和流行方式。C.parvum是大多数发达国家奶牛中常见的虫种，而该虫种在我国和其它一些发展中国家的奶牛中很少被发现。因此，隐孢子虫在发展中国家奶牛中的传播特点和流行方式可能与发达国家不同。另外，在我国牛科动物中所发现的C.andersoni、C.ubiquitum、C.bovis和C.suis-like genotype具有人兽共患传播风险和公共卫生学意义。　　为鉴定毕氏肠微孢子虫，采取巢氏PCR扩增其内转录间隔区序列(ITS)的方法，发现毕氏肠微孢子虫在奶牛、肉牛、水牛和牦牛中的感染率分别为4.9％、5.4％、2.2％和7.0％。经测序共发现5个基因型，包括3个属于Group2的曾报道发现于牛以及人体中的基因型（I，J和BEB4）和2个属于人兽共患基因型组Group1的新基因型(CHN11和CHN12)。毕氏肠微孢子虫在我国四种牛科动物中的优势基因型不同。在奶牛和肉牛中，基因型Ⅰ最常见，其次是基因型J;在水牛中只发现了基因型CHN11;在牦牛中，基因型BEB4是优势基因型。这些结果表明毕氏肠微孢子虫在我国四种不同种类的牛科动物间具有不同的传播特点。另外，在我国牛科动物中发现的5个毕氏肠微孢子虫基因型都可以人兽共患传播，具有公共卫生学意义。　　对C.andersoni群体遗传多样性进行分析，采用基于小卫星MS1、MS2、MS3和MS16基因的多位点序列分型技术(MLST)。共对96个中国牛源C.andersoni分离株进行MLST分析，发现57个样本在所有位点被成功分型。共发现了12个多位点基因型(MLGs)，包括8个新发现的MLGs，而MLG1和MLG6是牛源C.andersoni的优势MLGs。由于MLGs多样性低且集中于MLG1和MLG6，不适合进行群体结构分析。以上数据为MLST方法更加完善后开展群体遗传学分析奠定基础。　　本研究首次采用MLST技术对牛源毕氏肠微孢子虫进行群体遗传结构分析。对58个牛源毕氏肠微孢子虫进行多位点序列分型，最终有45个样本在所有4个遗传标记位点（MS1、MS3、MS4和MS7）均被成功分型。基于这四个位点以及ITS位点共鉴定出23个MLGs。群体遗传学分析发现总群体、奶牛、牦牛和Group2群体具有克隆性群体结构，肉牛和ITS基因型Ⅰ群体是随机交配型群体结构，而ITS基因型BEB4群体为流行性群体结构。群体亚结构分析发现总群体中存在亚结构，并且表明亚结构的存在主要与ITS基因型相关，而与宿主无关。　　以上结果表明我国牛科动物是隐孢子虫和毕氏肠微孢子虫的人兽共患传染源。这些发现将有助于制定有效的疾病防控策略。