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研究目的:本研究通过对2016-2018年青岛地区手足口病病原学和柯萨奇病毒A6型基因组特征研究,以了解手足口病的病原谱流行特征,明确CA6的遗传变异特征,为今后CA6所致HFMD的防控奠定基础。研究方法:青岛市10个区市设有HFMD病原学监测哨点,样本全部由哨点医院根据卫生部发布的《手足口病预防控制指南(2014年版)》采集并登记病例信息。采用荧光定量PCR的方法对青岛市2016-2018年手足口病咽拭子标本进行总肠道病毒(Enterovirus,EV)检测,对EV阳性标本进行常见肠道病毒的分型鉴定(包括肠道病毒71型(EV71)、柯萨奇病毒A16型、A6型和A10型),将肠道病毒的荧光RT-PCR检测CA6阳性标本接种于RD细胞上进行病毒分离,7日后收取上清进行核酸提取及逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR),选取病毒量较高的(CT值小于25)CA6毒株进行VPl基因全长及全基因组扩增,测序结果用Sequencher软件进行序列拼接,用ClustalX 2.0比对序列后,导入Mega 7.0软件进行序列比对及系统进化分析,用于建立系统发生树的CA6参考序列选自GenBank中肠道病毒各基因型和亚型代表株,建立系统发生树,分析序列进化特点。结果:2016-2018年共收集青岛HFMD病例2682份,病原谱构成中,EV71、CA16、CA6和其他型占总肠道病毒的比例分别是23.5%(630/2682)、18.0%(484/2682)、15.5%(416/2682)和23.4%(628/2682),经扩增得到132条CA6的VP1序列和10条全基因序列,系统发育研究结果显示,基于CA6 VP1基因进化树上,VP1序列可划分为5个基因型(A-E),2016-2018年青岛地区测得的所有CA6毒株仅有一株2017年的毒株在D3b分支(1/132),其余均处D3a分支,该分支是近些年来中国大陆流行的最主要基因型别;基于CA6全基因序列的进化树上,三年的青岛地区CA6流行株全部处于D3分支,其中90%(9/10)全基因序列分布在D3基因型的分支A上。全基因同源性分析显示,本研究中青岛CA6毒株之间的核苷酸同源性大于93.9%。重组分析发现1株2017年的CA6手足口毒株与CA4型别3D区发生基因重组。通过对VP1区氨基酸的变异分析,青岛地区有几个VP1区的位点的变异值得关注,包括T5A,A30V,V174I,I242V,T283A,S137N,A255T。结论:CA6已经成为引起青岛地区手足口病的重要致病原;2016-2018年间青岛地区的CA6分离株位于进化树的D3a分支。2018年青岛地区C6在D3a上的独立分支可能是输入性毒株。2018年青岛地区CA6发生大规模流行,可能存在多个病毒传播链。第30,137,174,242,255等VP1区位点易发生变异,这些变异也可能会影响病毒的毒力,导致广泛的传播流行甚至暴发。2017年有一株分离株在3D区可能与中国大陆现流行的CVA4基因型发生重组,应当关注3D区作为供体在肠道病毒重组中的作用。