沉积物是集化学物质和各种生物于一体的特殊生态环境。海洋沉积物是地球上最丰富、最复杂的微生物栖息地，沉积物中的微生物往往具有适应其特殊环境的形态学、生理学上的的特异性，对其多样性的研究已成为世界各国的研究热点，而且有越来越多的研究表明在世界各地海洋沉积物中，都生活着大量微生物。对海洋沉积物微生物多样性的研究，前期主要是通过分离培养的方法获取样品中微生物的信息。然而，据估计仅有0.1％-1％的微生物能用目前的培养技术培养起来，因此利用传统的微生物培养方法只能获取十分有限的微生物信息。随着分子生物学的迅猛发展，大部分不可培养的微生物的信息便可通过DNA体外扩增的方法得到其遗传信息，再通过克隆测序的方法就可获得样品中尽可能多的微生物信息。目前此领域的研究工作在东海近岸开展的不多，对东海沉积物中微生物多样性还缺乏系统的研究，本文的研究正好揭示该领域研究中的一些盲点。　　 本实验以东海近岸表层沉积物为研究对象，采用16Sr DNA克隆文库测序法研究了沉积物H2-22和H2-3中细菌的群落组成，构建H2-22和H2-3沉积物中细菌的进化树，揭示了沉积物中细菌多样性和系统发育组成。通过NCBI gene bank的查询，发现许多克隆子与污染环境中的序列关系密切，可能指示东海近岸沉积物已经受到人类活动的污染。　　 对近岸沉积物H2-22建立细菌16S rDNA克隆文库，获得71个克隆子主要归属于九个细菌类群：厚壁菌门(Firmicutes)、a、δ、γ-变形菌群(a、δ、γ-Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、浮霉菌门(Planctomycetes)、放线菌门(Actinobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)。33个克隆子属于Firmicutes，各有8个克隆子分别属于γ-Proteobacteria和Bacteroidetes，7个克隆子属于a-Proteobacteria，4个克隆子属于Planctomycetes，各有2个克隆子分别属于Actinobacteria、Acidobacteria和δ-Proteobacteria。1个克隆子属于Chloroflexi。　　 沉积物H2-3建立细菌16S rDNA克隆文库获得61个克隆子主要归属于11个类群：a、β、ε、δ、γ-变形菌群(a、β、ε、δ、γ-Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、浮霉菌门(Planctomycetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)。41个克隆子属于Proteobacteria，其中32个克隆子属于γ-Proteobacteria，5个克隆子属于β-Proteobacteria、2个克隆子属于a-Proteobacteria、各有1个克隆子分别属于δ、ε-Proteobacteria。6个克隆子属于Firmicutes，3个克隆子属于Actinobacteria，2个克隆子分别属于Planctomycetes和Bacteroidetes，1个克隆子分别属于Acidobacteria和Verrucomicrobia。在H2-22和H2-3克隆文库中有很多克隆子序列都与特殊环境中的细菌具有最近的亲缘关系。这些特殊的环境包括了受航运活动影响的环境、受重金属污染的环境、受生活污水污染的环境、淡水环境、受油污染的环境、与水产动物养殖有关的环境、与海藻养殖有关的环境。采样点位于长江口海域，航运活动对生态环境的影响是不容置疑的，生活污水对近海的污染也是广泛存在的。研究表明生活污水的排入也在改变着东海近岸表层沉积物的细菌群落组成，反映着人类活动与环境的关系。　　 由于样品采自东海近岸，对其细菌多样性的研究不能反映整个东海细菌多样性全貌。在今后实际的研究工作中，应当尽量综合应用各种技术，将纯培养与分子技术相结合，获得更加全面和更加可靠的信息。