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马氏珠母贝是用来培育和生产海水珍珠的主要贝类,是我国海洋经济的重要组成部分。本研究利用马氏珠母贝参考基因组中与生物矿化相关的基因,开发SNP标记,分析马氏珠母贝生长性状以及珍珠质层厚度与矿化基因位点的基因型的相关性,意在探索基因型对表型性状的影响,为马氏珠母贝的分子标记辅助育种以及重要生长性状的QTL定位提供一定的依据。本研究得到以下结果：1.利用马氏珠母贝参考基因组,找出了5可能的SNP位点,在SNP位点上下游设计引物,用10个个体测序检测SNP位点的真实性和多态性。经后续实验从中筛选出3个SNP位点。Prismalin-1、N19和MSI60三个引物适合采用Tm-shift法,每个位点的两个特异性引物一个为添加长尾的正向引物,一个为添加短尾的正向引物。2.8个家系的基因分型结果表明MSI60基因的SNP位点多态性较低,在CB、CH和CJ三个家系中无多态性；3.采用Pearson对样品进行关联分析,N19基因的SNP位点与样品的壳高之间存在显著相关性(P=0.046)；Prismalin-14基因的SNP位点与家系CN中5个性状均具显著相关性(P<0.05)；N19基因的SNP位点与CF家系的壳高、壳宽和总重,与CG家系的壳高性状,与CH家系的五个生长性状以及CP家系的壳长、绞合线长壳宽和总重四个性状均呈显著相关性(P<0.05)；但是MSI60基因的SNP位点由于多态性较低,并未发现SNP位点与生长性状之间的相关性。4.采用Pearson目关性分析3个基因与贝壳珍珠质层厚度之间的相关性,其中Prismalin-14基因的SNP位点在CA、CG和CN家系中与贝壳珍珠质层厚度呈显著相关性(P<0.05)。N19和MSI60基因的SNP位点在采集的8个家系中均无显著相关性。本研究对于马氏珠母贝的育种研究属于基因研究层面,旨在改善马氏珠母贝的生长和珍珠质层的形成能力。SNP位点的开发,对于马氏珠母贝养殖上的应用将变得非常重要,可用于马氏珠母贝的种质鉴定、分子遗传学分析和野生资源保护等方面的研究。为马氏珠母贝的QTL (Quantitative Trait Locus,数量性状基因座)定位提供一定的依据。