分子动力学模拟研究表面接枝两性离子生物材料对生物三肽分子谷胱甘肽正常构象的维持

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“维持正常构象假说”从理论上预言:两性离子分子结构由于不会改变与之接触的蛋白质分子的正常构象从而应该具有较好的不凝血性能。以这一假说为指导合成出的一系列表面接枝两性离子生物材料也已经为实验所证实具有优良的不凝血性能。但是,“维持正常构象假说”是否正确,尚未从两性离子材料与蛋白质分子相互作用的分子层次的机制上给出证明。分子动力学模拟使用半经验力场,是从理论上研究复杂分子体系的最直接的方法之一,特别适合用来模拟蛋白质分子与表面的相互作用.由于受到计算资源的限制,模拟整个蛋白质分子目前尚不可行。因此,本课题选择了人体中含量丰富、并对细胞新陈代谢起着重要作用的生物三肽分子谷胱甘肽作为研究对象。除了两性离子表面之外,还模拟了其他四种典型的材料表面(疏水性、亲水性、正电性、负电性)与谷胱甘肽分子的相互作用,同时,不受任何材料表面影响的单个谷胱甘肽分子处于水环境中的情形被假定为正常构象的情况进行了模拟。目的在于从分子水平上提供谷胱甘肽分子与不同的材料表面相互作用的细节,从谷胱甘肽分子被吸附的程度以及其分子的构象改变情况比较不同的材料表面对谷胱甘肽分子造成的影响,并分析影响产生的分子机制。采用GRoMACS力场对上述六个体系进行的5 ns的分子动力学模拟的结果显示,两性离子的材料表面对谷胱甘肽分子的正常构象的维持程度最好,而对谷胱甘肽分子的正常构象影响较大的材料表面也正是实验已证实的不凝血性能较差的材料。尽管完全验证“维持正常构象假说”还必须对更复杂的蛋白质分子进行模拟,本课题的成果仍然首次提供了一个有力的佐证。
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