黄瓜HD-Zip Ⅳ基因的生物信息学及功能初步分析

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黄瓜(Cucumis sativus L.)是世界范围内广泛栽培的重要瓜类蔬菜,刺瘤是黄瓜的主要农艺学性状之一,黄瓜果刺与果瘤基因共同作用控制果实表型。黄瓜的果刺与茎叶表皮毛形态一致,且有共同的遗传基础,对表皮毛形成相关基因的研究,有助于了解黄瓜果刺形成的分子机制。双子叶模式植物拟南芥和番茄中的HD-Zip Ⅳ类转录因子与表皮毛发育有关。本文利用生物信息学技术,对黄瓜HD-Zip Ⅳ基因家族进行了较全面的生物信息学分析,包括氨基酸序列、保守结构域、物种进化树、基因结构、3’ UTR以及选择性剪接分析。通过RT-PCR检测黄瓜HD-Zip Ⅳ基因在根、茎、叶、雄花、果实和卷须这6个不同器官中的表达特性。通过拟南芥异源表达和黄瓜遗传转化试验,研究基因功能。主要结果如下:1.通过BLASTP程序,在黄瓜中共检索出11个HD-Zip Ⅳ基因,该家族与已有研究的物种相比是较小的,这是由于黄瓜基因组缺乏全基因组复制事件,该家族缺少串联复制和片段复制事件。2.物种进化关系分析表明,黄瓜与其他六个物种中的HD-Zip Ⅳ基因可以被分成5个亚类,且黄瓜HD-Zip Ⅳ基因与双子叶植物HD-Zip Ⅳ基因亲缘关系更近。黄瓜HD-ZipⅣ基因在基因结构和保守结构域方面,与拟南芥、玉米和杨树存在较高相似性。3.6个黄瓜HD-Zip Ⅳ基因的3’ UTR中有两个较短的保守结构域,且它们是同时出现或者同时缺失,表明黄瓜HD-Zip Ⅳ基因的功能可能受一个转录后调控机制的影响。另外,6个黄瓜HD-Zip Ⅳ基因存在选择性剪接现象。4. RT-PCR结果表明,黄瓜HD-Zip Ⅳ基因的组织表达模式存在较大的差异性,且在生殖器官中的转录信号高于营养器官。5.拟南芥异源表达试验表明,35S启动的CsHDZⅣ6和CsHDZⅣ8的异源表达不能互补拟南芥突变体表型。6.构建了5个黄瓜HD-Zip Ⅳ基因的过表达和RNAi沉默载体,并进行了黄瓜的遗传转化试验。总之,我们对黄瓜HD-Zip Ⅳ基因家族进行了一个较全面的生物信息学分析、组织表达分析和功能初步探索,为进一步研究这些基因在黄瓜生长发育中的具体功能提供线索。
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