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将发光酶基因luxAB标记了的紫云英根瘤菌JS5A16L接种到曾有多年紫云英和水稻轮作历史的稻田中，在紫云英和水稻轮作条件下，研究其在紫云英和水稻根部的存活能力及定殖密度的变化。通过检测JS5A16L在根内、根表及根际土壤中的定殖密度发现：在整个紫云英生长期内，JS5A16L在紫云英根际、根表的定殖都较为稳定，分别维持在10~4、10~5cfu／g数量级；在紫云英翻耕后，在稻田淹水期间，JS5A16L在田间生长的水稻根部的定殖密度则只有10~2cfu／g。当水稻生长到60天左右时，已能在水稻根内检测到JS5A16L。比较未接种和接种了JS5A16L的水稻的生长情况，接种了的没有显著生长优势。此外，在紫云英翻耕前，紫云英根圈对JS5A16L、芽胞杆菌、放线菌、霉菌、好气性细菌、假单胞菌均表现一定程度的促进作用；在水稻分蘖期和结实期，水稻根圈则对JS5A16L、放线菌、霉菌、好气性细菌等均表现一定程度的抑制作用，而对芽胞菌杆菌作用不明显，对假单胞菌则表现出一定的促进作用。 通过设置单接种JS5A16L和丛枝状菌根真菌Gl.mosseae及其双接种和不接种对照四个处理的盆栽试验，研究JS5A16L和菌根真菌Gl.mosseae对水稻生长的影响以及二者在紫云英和水稻根部的定殖动态。结果表明：双接种能明显促进JS5A16L在紫云英上的结瘤和Gl.mosseae对紫云英的感染、提高JS5A16L和Gl.mosseae在水稻根际土壤中、根表和根内的定殖；而且，能在不同的显著水平上促进紫云英和水稻的株高、鲜重，但对水稻分蘖数和产量的促进效果不显著。 在旱育和淹水两种盆栽条件下，通过水稻幼苗根部接种孢子，比较Gl.mosseae对水稻根系的感染能力及其对水稻生长的影响。在旱育条件下，水稻生长到20天时，接种处理的水稻根系菌根感染率达30％，其时，丛枝正在根内细胞中形成，并能观察到少量菌丝顶端正在膨大形成泡囊；40天左右时，感染率已达到50％，40天后基本稳定在45％左右。在淹水盆栽中，Gl.mosseae的孢子不能感染水稻根系。在水稻生长20～40天内，接种Gl.mosseae处理的旱育秧在株高、叶色、茎的粗细程度上均优于其它处理的；但在40天后，淹水对照处理中的水稻生长情况优于旱育接种Gl.mosseae处理的。