随着海洋保护区数量急剧增长，保护区的监测数据及自然信息等各类报表数据量也随之增长，急需采用信息系统加以管理。为此国家海洋环境监测中心2008年初步建立了海洋保护区管理系统，对全海域的国家级海洋自然保护区、国家级海洋特别保护区、地方级海洋自然保护区、地方级海洋特别保护区进行管理。论文中分析了监测数据评价依据、评价原则、评价指标体系、评价标准，基于原有的海洋保护区管理系统，使用面向对象的C#语言、ArcGIS Engine提供的基本组件以及第三方插件DevExpress进一步开发了分析对比模块、数据评价模块、水质评价结果三维显示模块。分析对比模块中实现了对同一站位不同年度数据的对比、同一站位不同监测时间数据对比、同一站位不同采样层次数据的对比、不同站位间监测数据的对比，不同站位对比结果可以以统计图表方式显示并可以将对比结果显示到区划图中。数据评价模块中实现了主要保护对象变化趋势评价、海水水质评价、海洋沉积物质量评价、海洋生物多样性变化趋势等评价方法，并实现了水质评价结果的三维显示。通过开发海洋保护区管理系统，为保护区管理建设提供了分析、评价工具，提高了海洋保护区监测数据利用率，提高了海洋保护区管理水平。