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胡麻(Linum usitatissimum L.),隶属亚麻科(Linaceae)、亚麻属(Linum),是我国主要的经济作物之一。胡麻枯萎病常年发病率为10%-30%,严重时可达50%以上,严重影响胡麻产量和纤维质量。胡麻枯萎病是由尖孢镰刀菌胡麻专化型(Fusarium oxysporum f. sp.lini)侵染引起,生长各期均可发病。与瓜类、茄科类农作物枯萎病研究进展相比,胡麻枯萎病病原菌分离和鉴定技术、遗传多样性分析及抗病育种研究等方面才刚刚起步。本文在2010-2011年间在我国6个省及自治区采集胡麻枯萎病病株257份,分离纯化得到真菌696株,结合生物学特性和ITS序列测定对部分菌株进行鉴定,最终确定96株菌株为尖孢镰刀菌,并作为供试菌株,以ISSR分子标记进行群体遗传多样性和遗传变异分析。得到以下结果：1、采用五因素四水平的正交试验,建立了适合于尖孢镰刀菌的ISSR-PCR反应体系:25μL PCR反应体系中含有2.5μL10×buffer、20ng DNA、1U Taq DNA聚合酶、0.6μmol·L-1引物、0.15mmol·L-1dNTPs和3.0mmol·L-1Mg2+。筛选出12条ISSR引物,并优化各引物的退火温度,建立了稳定的扩增条件。2、对96株供试菌株进行ISSR-PCR扩增,共扩增得到722条条带,其中多态性条带718条,多态性达到99.45%。平均每个引物扩增60.17个条带,所有扩增产物大小在200-5000bp之间。6个种群遗传相似性变化范围在0.9579-0.9803,平均遗传相似性为0.9688。3、尖孢镰刀菌个体间的多样性程度决定了种群间的多样性程度；种群间遗传变异占种群遗传变异的81.02%,尖孢镰刀菌种群遗传变异大部分来源于种群间的遗传变异；尖孢镰刀菌种群间存在一定的基因流动。4、在相似系数0.870处把96株尖孢镰刀菌分为5个类群,尖孢镰刀菌ISSR类群与地理来源之间存在一定相关性。供试的96株尖孢镰刀菌,遗传相似性较高,尖孢镰刀菌种内遗传分化较大,存在着丰富的遗传变异。