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基于水稻两个亚种indica与japonica已被证实的高度共线性,在本中心1997年构建的第一代水稻基因组物理图的基础上,结合指纹法、分子标记锚标定位STC-PCR等技术,构建了构建了水稻籼稻广陆矮4号(GLA4)与粳稻日本晴(Nipponbare )4号染色体的物理图,并据此最终完成了Nipponbare 4号染色体的精确测序工作。完成序列(finished sequence)全长34.6 Mb,覆盖染色体的97.3%。使用基因中心自主开发的基因组注解软件包对Nipponbare 4号染色体长臂