我国的卫生科研事业单位的内部控制在实施和执行等各个方面都存在着很多问题，但卫生科研事业单位和公司企业相比内部控制建设还是比较滞后的。YSB预防控制基地是由中国疾病预防控制中心领导下的科研机构，属于事业单位，承担全国的疾病预防与控制工作，同时具有卫生监督、行政执法等工作职责。YSB预防控制基地是在中华人民共和国建国前夕，东北鼠疫广泛流行时期组建的鼠疫防治专业机构。也是国家唯一的研究鼠疫，布氏菌病的卫生防疫科研单位。YSB预防控制基地现承担全国鼠疫，布氏菌病的防治监测，疫情处理，专业技术人员培训等任务，是全国鼠疫，布氏菌病防治技术指导中心。卫生科研事业单位是由财政全额拨款，不以盈利为目的的单位，但作为国家政策法规的直接贯彻和执行者，在履行职责时必然要发生经济活动，也一定会采取内部控制的。在各项管理中，如何加强内部控制工作，越来越引起管理者的重视。卫生科研事业单位的内部控制在实施和执行等各个方面都存在着很多问题，有人将这些问题归咎于卫生科研事业单位的特殊地位我认为显然有失公平。随着我国医疗水平的不断提高，全民预防疾病意识的增强，YSB预防控制基地在国民经济发展中发挥着重要的保障作用。如何加强对YSB预防控制基地的管理，适应新形势发展的需要，不仅是单位的内在管理需求，也是社会民众的需要。基地内部控制体系的建立与完善，对作为卫生科研事业单位的YSB预防控制基地的实现可持续发展有着重要意义。本文以YSB预防控制基地的内部控制存在的问题为研究对象进行分析，发现YSB预防控制基地的内部控制存在的问题主要有：内部控制制度不健全，方法体系不完善，业务流程不尽合理，缺乏明确的岗位责任制度，人员兼岗现象普遍，授权审批制度不规范，预算控制不明确；财务管理不按规定，固定资产管理混乱；监督考核机制不到位。本文通过对我所在的工作单位，YSB预防控制基地内部控制存在问题及产生问题的原因进行深入分析研究，揭示在实际管理中存在的主要问题，笔者基于内部控制理论，对YSB预防控制基地存在的问题进行研究，分析目前基地在内部控制环境、控制活动、风险评估、内部监督、信息沟通等方面存在的具体问题，进而提出适合基地内部控制管理的对策建议，力求为基地的内部控制管理服务，为卫生科研事业单位建立科学完整的内部控制体系提供有用的参考。