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随着医疗业务分工的细化和医疗流程的复杂化，各医疗部门业务流程之间存在复杂的协同模式，传统的业务流程建模和分析方法无法描述和分析复杂的跨部门医疗业务流程。为解决上述问题，本文给出一种基于扩展Petri网的跨部门医疗业务流程建模和分析方法，并介绍了基于Bonita软件对跨部门复杂医疗业务流程进行仿真分析的方法。 本文工作主要包括三个方面: (1)在传统业务流程模型WF_ Net的基础上，扩充资源和消息的概念，给出描述部门内部业务流程的RM_ WF_ Net模型。结合跨部门复杂医疗诊断业务流程实例，分析跨部门复杂医疗流程中医疗任务的构成要素，给出任务的形式化模型，并对跨部门医疗任务之间的协同关系进行分类，定义了消息传递、消息共享、资源共享、资源依赖、任务同步和任务抽象等六种任务协同关系;在传统业务流程模型WF_ Net的基础上，扩充资源和消息的概念，给出描述部门内部业务流程的RM_ WF_ Net模型定义;并给出了基于协同模式集成各医疗部门业务流程进行跨部门复杂医疗业务流程建模的方法。 (2)给出跨部门复杂医疗业务流程的合理性定义，研究跨部门复杂医疗业务流程合理性验证的方法; (3)在基于扩展Petri网的跨部门医疗业务流程建模和分析工作的基础上，将跨部门医疗业务流程的模型转换为BPMN模型，之后通过支持BPMN流程定义和仿真的Bonita软件，对跨部门医疗业务流程的定义、运行和仿真方法进行介绍。