四指马鲅属(Eleutheronoma)是广泛分布于印度-西太平洋的名贵海洋鱼类，也是东南亚地区各国重要的养殖对象。本文在对中国东南沿海10个地理群体194尾四指马鲅属鱼类进行形态鉴定的基础上，通过PCR扩增技术和DNA直接测序法测定鱼体线粒体COI基因序列，结合从GeneBank下载的印度洋、澳大利亚北部沿海以及中国西沙和南沙等海域的四指马鲅属鱼类DNA同源序列共207条基因序列，进行遗传分析，得到如下结果：1、四指马鲅属鱼类的分类地位四指马鲅属鱼类在NJ树中聚类为3个明显谱系，根据各谱系间的遗传距离、遗传分化指数（Fst值）以及外部形态特征鉴定结果，结合历史资料，确定中国东南沿海大多数四指马鲅属鱼类为多鳞四指马鲅(E.rhadinum)；确定E. coecus Macleay为有效种，东兴大部分个体、福州少数个体与澳大利亚全部个体均为本种，且中国沿海和澳大利亚北部海域E.coecus群体间存在较大的遗传分化，或为不同的亚种。东兴个别样品与印度洋海域的四指马鲅属鱼类聚类，根据四指马鲅（E.tetradactylus）地模标本的地理分布情况，初步认为这个谱系为四指马鲅，考虑到广阔的印度洋和东兴海域难以排除出现新谱系的可能，暂将其定义为E. cf.tetradactylus。2、四指马鲅属鱼类的遗传多样性和遗传分化中国东南沿海多鳞四指马鲅总体的单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（Pi）分别为0.5296±0.0888和0.001626±0.001240，表现出高的单倍型多样性和低的核苷酸多样性；其中东海区群体的单倍型多样性和核苷酸多样性（Hd=0.6486±0.1023和Pi=0.002392±0.001673）高于南海区（Hd=0.3684±0.1350，Pi=0.000650±0.000703）。就采样地点来看，舟山群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最高（Hd=0.6000±0.2152，Pi=0.001951±0.001658），洞头其次，潭门群体的单倍型多样性和核苷酸多样性最低（Hd=0.2500±0.1802，Pi=0.000407±0.000577），表现出从北到南，单倍型多样性和核苷酸多样性逐渐降低的变化趋势。另外，中国东海区和南海区多鳞四指马鲅的遗传分化指数和遗传距离结果显示，中国沿海多鳞四指马鲅没有明显的遗传分化。中国东南沿海与澳大利亚北部沿海E.coecus的单倍型多样性分别为0.5029±0.1128和0.8195±0.0165，核苷酸多样性分别为0.000894±0.000859和0.002936±0.001886，总体看，澳大利亚总体单倍型多样性和核苷酸多样性都高于中国沿海。然而，就不同地理群体而言，中国东兴E.coecus的单倍型多样性和核苷酸多样性（Hd=0.5441±0.1110，Pi=0.000980±0.000917）与澳大利亚的Eighty-mileBeach（Hd=0.4302±0.0835，Pi=0.000767±0.000755）、Arthur Creek（Hd=0.5323±0.0694，Pi=0.001041±0.000918）和PortAlma（Hd=0.6222±0.0705，Pi=0.001218±0.001017）3个地理群体的结果接近。另外，中国沿海和澳大利亚E.coecus群体间的遗传分化指数为0.86274±0.00000，遗传距离为0.037，说明中国和澳大利亚群体间具有较大的遗传分化。3、四指马鲅属鱼类的种群历史动态根据核苷酸岐点分布图，以及Tajima’s D值和Fu’s值，计算得到中国东南沿海多鳞四指马鲅总体的种群扩张时间约为6.1万年前，东海区约为25万年前，南海区约为3.9万年前，处于第四纪冰期。东兴的E. coecus群体种群历史上没有发生快速的种群扩张，与澳大利亚群体间存在明显遗传分化，分化时间约为170万年前。4、中国东南沿海四指马鲅属鱼类的管理与保护中国东南沿海分布的四指马鲅属鱼类为3个种，其中东兴海区包含了2个种，应重点保护；中国沿海大部分地区都为多鳞四指马鲅，分子方差分析结果显示，多鳞四指马鲅遗传变异主要来自种群内（97.68%），另外，东海区和南海区多鳞四指马鲅群体间的Fst值为0.02625±0.09910，说明中国沿海多鳞四指马鲅不同地理群体间不存在明显遗传分化，但是东海区群体的遗传多样性较高，应加以保护。