事业单位是为经济社会发展提供公益服务的社会组织，是我国社会主义现代化建设的重要力量，但是事业单位在发展中也存在政事不分、事企不分，机制不活等突出问题，严重影响了公益事业的健康发展，也制约了经济和社会的协调发展。自20世纪八十年代中期以来，我国事业单位企业化改制不断深入，国家相继出台了一系列事业体制改革相关政策。2011年3月23日，中共中央国务院印发《关于分类推进事业单位企业化改制的指导意见》，要求新的事业单位管理体制和运行机制将在2020年建立完毕，引起了社会的高度关注。目前，事业单位分类改革已经全面展开，但其进展并不十分理想，面临许多问题亟待解决，其中一些来自事业单位内部，主要表现为事业编制员工的身份、工资来源、养老关系等，直接关系到被改革者的切身利益，是事业单位分类改革成败的关键。本文运用公共选择理论、新公共管理理论、新公共服务理论，采用问卷调查、个别访谈等方法，以中国电子科技集团公司某研究所为例，对事业单位企业化改制中内部阻力进行研究，分析了内部阻力的形成原因，借鉴国内有关事业单位分类改革的经验，对推进科研单位企业化改革提出了对策建议，包括社保费用补缴财政主企业辅、提高薪酬待遇多劳多得、合理的心理干预、明确分类定位、维持非正常退养人员和多年税费减免等，其研究成果将为消除事业单位企业化改制中内部阻力问题提供一定的理论依据，对其他事业单位推进企业化改制也有参考作用。