论文部分内容阅读
采用LA-PCR(Long amplification polymerase chain reaction)扩增首次获得褶纹冠蚌（Cristaria plicata）线粒体基因组全序列。分析表明：序列全长15712bp，包括13个蛋白质基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和26个长度为2～328bp的非编码区。A、T、C、G碱基组成分别为36.54％、27.22％、23.22％、13.02％，表现出适度的A+T偏好性。大部分基因在L链编码，其中ND3～ND5、ND4L、COⅠ～COⅢ、ATP6、ATP8、tRNAAsp和tRNAHis在H链编码。基因排列与同科的射线佩饰真珠蚌（Lampsilis ornata）一致，与三角帆蚌(Hyriopsis cumingii)在COⅡ和12S rRNA之间存在差异。13个蛋白质基因具有Ⅰ(AUU、AUC)、V(GUG)、M(AUA、AUG)3种起始密码子，除ND2终止密码子为不完整的T，其余基因均为典型的UAA或UAG。亮氨酸(Leu)是褶纹冠蚌使用率最高的氨基酸，第二常用氨基酸为苯丙氨酸(Phe)，最常用密码子为UUU，第二常用密码子为AUU。22个tRNA中，除tRNAThr、tRNALys、tRNASr（UCN)、tRNAAsp、tRNAArg、tRNATyT和tRNAMet之外，其他15个tRNA都具有典型三叶草结构。与其他淡水双壳贝类一样，褶纹冠蚌具有ATP8基因，该基因的进化过程可能为：ATP8基因在海水双壳贝类缺失，到生活在潮间带双壳贝类慢慢具有不完整的ATP8基因，再到淡水双壳贝类具有完整的ATP8基因，并且可能与双壳贝类细胞质的渗透压平衡有关。
采用LA-PCR扩增雄性三角帆蚌线粒体基因组全序列(M型)。分析表明：序列全长15957bp，比雌性（F型）mtDNA长3bp，M型和F型mtDNA含有相同的基因含量(13个蛋白质基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和26～28个长度不等的非编码区)、基因排列顺序(ND2、tRNAMet、ND3、tRNAAla、tRNASer(UCN)、tRNAGlu、tRNATrp、tRNAArg、12SrRNA、tRNALys、tRNAThr、tRNATyr、16SrRNA、tRNAeu(CUN)、tRNAAsn、tRNAPro、Cytb、tRNAPhe、ND5、tRNAGln、tRNACys、tRNAIle、tRNAVal、tRNALeu(UUR)、ND1、tRNAGly、ND6、ND4、ND4L、ATP6、tRNAAsp、ATP8、COⅢ、COI、COⅡ、tRNASe(AGN)和tRNAHis)、相似的碱基含量和密码子使用率；它们的13个蛋白质基因起始密码子相同，但M型mtDNAND5的终止密码子为TAG，而F型则为TAA;M型和F型mtDNA都具有ATP8基因，这与淡水双壳贝类中都存在该基因一致；M型和F型mtDNA都含有22个tRNA，但它们在三叶草的茎和环上都存在不同的碱基替换、错配和凸环等结构差异；M型mtDNA除tRNAGly和tRNAPro缺失TΨC环，tRNASer(AGN)和tRNASer(UCN)缺失DHU臂外，其他18个tRNA都具有典型的三叶草结构；UUU是M型mtDNA使用率最高的密码子，F型与之相同，紧接着是M型的GUU，但F型为UUG;M型与F型mtDNA的碱基差异为3.6％，它们的13个蛋白质基因的碱基差异具有高度的相似性，介于93％～98％之间，蛋白质的氨基酸序列差异介于96％～100％之间；因此推测，这是个体问的序列差异，在雄性三角帆蚌的外套膜组织中并不存在DUI机制，M型和F型mtDNA之间的差异可能发生了少量父系渗漏下的线粒体DNA重组。