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沙门氏菌是食源性疾病的主要原因之一,其中动物源食品是沙门氏菌传播的重要途径。分析食品生产链中沙门氏菌的分布能够为预防和控制沙门氏菌感染导致的食源性疾病提供理论指导。分析不同来源食品中沙门氏菌的型别、耐药性及其耐药基因,有利于了解沙门氏菌耐药状况,揭示沙门氏菌耐药性的产生和传播机制。本研究对湖北省市售生鲜动物源食品进行沙门氏菌的分离鉴定,血清型、分子序列型、抗生素敏感性、耐药基因种类以及Ⅰ类整合子和ISCR1元件进行了检测和分析。初步解析了湖北省市售动物源食品中沙门氏菌的污染情况与耐药现状,主要研究内容和结果如下:（1）市售生鲜动物源食品中沙门氏菌的分离鉴定采用GB4789.4-2016法分离动物源食品中的沙门氏菌,对分离株使用玻片凝集法进行血清分型,并使用MLST法对分离株进行分子分型。在220份动物源样品中分离到27株沙门氏菌,湖北省动物源食品中沙门氏菌的流行率为12.3%（27/220）。对66株沙门氏菌分离株进行血清分型,结果显示有19种血清型和1种粗糙型,主要血清型为S.Thompson（18.2%,12/66）和S.Agona（13.6%,9/66）。在MLST分型中,66株沙门氏菌分离株分为27个ST型,其中ST型最多的为ST26（18.2%,12/66）和ST541（12.1%,8/66）。研究还发现了6种新的ST型。结果表明MLST分型具有更高的辨别力,因此,MLST分型方法能更好地将沙门氏菌进行亚型分类。（2）沙门氏菌分离株的耐药表型与耐药基因检测选择七大类抗生素中的14种抗生素纸片对66株沙门氏菌分离株进行K-B实验。选择六大类耐药基因中的23种,采用PCR方法检测沙门氏菌分离株的耐药基因。结果显示沙门氏菌分离株对磺胺复合物和四环素耐药率较高（43.9%）。此外,仅发现S.Thompson分离株到对头孢唑啉的耐药率较高（58.3%,7/12）。而与之对应的是耐磺胺耐药基因sul1（38/66,57.6%）、β-内酰胺酶耐药基因blaTEM（32/66,48.5%）和四环素耐药基因tetA（26/66,39.4%）为占优势基因。66株沙门氏菌分离株中Ⅰ类整合子和ISCR1元件的检出率分别为27.3%（n=18）和22.7%（n=15）。经比较发现Ⅰ类整合子和ISCR1元件阳性株均表现出对3种以上抗生素耐药。PCR扩增I类整合子耐药基因盒,结果显示18株有13株扩增条带长度在150bp左右,为空基因盒,另外5株PCR扩增结果分别为为1.7kb（aacA4C―arr–3―dfr2,n=1）、2.2kb（dfrA12–orfF―aadA21,n=1）、0.9kb（aadA2,n=1）、1.9kb（dfrA12–orfF―aadA2,n=1）、2.3kb（dfr17―aadA5,n=1）。PCR扩增ISCR1耐药基因盒,结果显示15株阳性株中有7株扩增到2.7kb的条带。序列比对结果显示7个基因盒中有两种耐药基因,为喹诺酮类耐药基因qnrB1和qnrB2,表明ISCR1元件耐药基因盒与喹诺酮类耐药基因qnrB有紧密联系。本研究中编号54的分离株同时含有两种耐药基因盒遗传元件,且它的I类整合子耐药基因盒中基因包含三大类耐药基因:aacA4C―arr-3―dfr2,目前未在沙门氏菌I类整合子中有见报道。经比较发现,这株沙门氏菌分离株对阿莫西林、氨苄西林、氯霉素、链霉素、磺胺复合物和四环素耐药,表明Ⅰ类整合子和ISCR1元件与沙门氏菌多重耐药有紧密联系。