知识经济的蓬勃发展，促使市场对前沿技术的需求日益迫切，单一主体的创新能力无法满足日趋变化的技术革新发展，创新各方都迫切需要合力推进知识扩散，企业与科研院所合作便应运而生并迅速发展起来。科研院所作为创新型国家建设中的重要组成部分，是我国原始创新和技术发明中不可或缺的重要力量。如何发挥科研院所在产学研协同创新中的作用，使其更好地为国家的创新驱动发展战略服务，是现阶段我国协同创新发展亟待解决的关键问题。本文以产学研协同创新为背景，以科研院所为研究主体，以产学研协同创新中科研院所的运行机制及保障措施为主线，研究了科研院所在产学研协同创新的运行过程，从而设计了产学研协同创新中科研院所运行机制。　　首先，通过对国内外研究成果及文献的梳理、归纳，界定了科研院所的内涵，分析了科研院所的特性，并研究了科研院所在产学研协同创新中的角色定位。在此基础上，构建了产学研协同创新中科研院所运行机制，并分析了产学研协同创新中科研院所运行机制各个子机制的内在关系。　　其次，论文研究了产学研协同创新中科研院所运行驱动机制。通过对驱动要素和驱动过程的分析，基于期望理论构建了产学研协同创新中科研院所运行驱动生成模型。从驱动生成和驱动作用角度，分析了产学研协同创新中科研院所运行驱动的相关机理，并构建了产学研协同创新中科研院所运行的驱动机制。　　第三，论文研究了产学研协同创新中科研院所运行协同机制。分析了科研院所在产学研协同创新中运行的协同过程以及协同职能，运用复杂协同理论中的Logisitic方程，建立产学研协同创新中科研院所运行协同模型，基于中科院的年鉴数据进行了实证研究，并从主体协同和职能协同两个方面建立了产学研协同创新中科研院所运行协同机制。　　第四，论文研究了产学研协同创新中科研院所运行风险管理机制。从风险识别、风险评估和风险预警三个角度对科研院所的运行风险进行分析，运用扎根理论深入挖掘了产学研协同创新中科研院所运行风险管理的影响因素，利用生存分析的Cox模型进行了风险因素评估，并基于熵理论设计了产学研协同创新中科研院所运行的预警模型，构建了产学研协同创新中科研院所运行风险管理机制。　　第五，论文研究了产学研协同创新中科研院所运行反馈调节机制。通过对产学研协同创新科研院所运行反馈调节分析，进而探讨了科研院所在运行过程中的主体互动和反馈调节过程。从运行状态、运行效果和运行互动三个维度对科研院所在产学研协同创新中的运行进行反馈，基于中科院的年鉴数据进行了运行状态与运行效果实证研究，基于演化博弈模型对产学研协同创新中科研院所的运行互动进行分析，运用案例研究探索了科研院所运行的反馈调节过程。从运行反馈与运行调节双维视角，构建了产学研协同创新中科研院所运行的反馈调节机制。　　最后，提出产学研协同创新中科研院所运行的保障措施。从宏观和微观角度，针对产学研协同创新中科研院所运行驱动、协同、风险管理和反馈调节等各个结点关键问题，提出了保障产学研协同创新中科研院所运行的相关政策建议。