医药制造业近年来呈现出了持续良好的发展态势，成为我国乃至世界发展最快的产业之一，被我国政府定位为我国的战略新兴产业，其重要性不言而喻。我国十一五规划要求实现医药产业的可持续发展，那么该产业目前的发展状况如何、其可持续发展各方面是否互动良好，存在哪些需要解决的问题以及有哪些优化方案就成为了值得研究的问题，具有一定的现实意义。　　首先，研习了近期相关学者的论述，从经济、创新、环境污染和市场四个方面建立了我国医药制造业可持续发展评价指标体系，运用主成分分析法对我国医药制造业各子系统发展现状和协调性做了评价。　　然后，在该评价指标体系的基础上，通过文献分析、相关分析对各子系统指标体系进行了细化和扩充，挖掘各指标计算源头，基于系统动力学对来源结果的关系界定，组建各指标成为产业系统的因果关系图，基于各指标数量关系建立了产业系统的系统流图，对系统的各反馈结构进行了拟建模仿。　　最后，本文验证了模型的现实性和有效性，基于该模型从市场、创新、环境污染角度设计了政策方案，并通过计算机仿真预测和分析了我国医药制造业可持续发展对各方案的行为反馈，对结果进行了解释，并提出了对该产业可持续发展的建议。　　本文结果显示，目前产业存在的问题有，创新投入方面，由于技术引进费用和专利开发费用浪费、成果产业化投入不足、科技人才缺口大导致了创新水平低;产业污染方面，排放量大导致经济损失，总体上导致了产业创新、产业环境与产业经济水平的协调性不稳定。产业机会方面，科研结构方面，提高中成药产业研发力度可以显著提高产业可持续发展水平;市场方面，社会老龄化是未来该产业的主要需求来源。结果在一定程度上能够为政府和企业提供参考和决策支持，也丰富了该领域的研究。