春秋时期古琴流行于社会各阶层,并对士阶层有着特殊意义,儒教与琴理已有融合趋势。汉儒发扬经中大义,视古琴为圣贤之器,尊琴为“乐之统”,系于“正心”,自上而下为古琴量身定制了一套理论。琴理的学术血缘在儒学,由汉至清,历代琴学文献乃至史书中记载着儒者对琴学的探究和受儒家思想熏陶的琴人对琴学的贡献,他们的琴论经常主导琴学的发展。在历史的脉络中,儒教与琴理的融合程度和儒家琴理在琴学史上的位置出奇地一致,二者融合程度高,儒家琴理中便涌现出新思想,直接影响当时的琴学发展和琴坛风尚。二者融合程度低,儒家琴理不兴,琴学又遇机缘展现出新的面貌。在儒家礼乐教化思想语境中,琴学义理走过两次由兴盛到衰微的历程,然后彻底衰落。汉代儒家琴理盛,至魏晋衰,而琴学传教在世家中依然继续,玄学代儒学而起与琴学结合,产生时代特有的理论和琴曲。隋唐儒家琴理不兴,琴艺发展略盛,唐末乱世没有相继的哲学思潮,文人也没有了家族门第的庇护,因而无有琴理新声。宋明儒家琴乐传统与琴艺传承俱盛,琴理出新。清至民国,传统琴学逐渐衰微,琴乐传统失落,琴艺独存但也几至消亡。新中国成立之初,儒家琴理消声,当前有复兴之势,未来如何尚未可知。从儒教与琴理结合的方式来看,两次相似但绝不相同的兴衰之路遵循的是儒学的内在理路,源于深层的文化动因。汉至隋唐,弹琴的儒者多是经过世族家教门风滋养、承续累世经学的贵族,儒教与琴理的结合方式是礼乐教化主导琴理,以期通过古琴实施教化。“琴者,禁也”禁止的是百姓性中之恶,“以琴正心”,正的是民众“淫邪之心”。宋明至民国,崇尚琴乐的儒者多为通过勤奋读书自觉生发责任感、以天下为己任的学子。儒教与琴理的结合方式为儒家思想渗透琴学义理,又通过琴乐自内而外发扬人固有的善心,培养“自性的庄严”。因理学主张之异,以琴修心之历程概分两途：一为自周敦颐、邵雍、张载、程颐而至朱熹,以琴养性正心穷理,以琴载道；一为自程颢、陆九渊、王守仁而至李贽,以琴为心之自然流行,琴即是道。宋明理学又被称为“心性之学”,宋明儒虽有解释整个宇宙、穷尽万物之理的努力,但最终都归结到人生过程之道德实践,落实到自身之心性修养。民国黄溓则兼采两者,琴乐作为众乐面向大众可以“正”群众之心,作为独乐又尤其适合君子修身之用。儒者并不认同彼岸的琉璃世界,也不主张超越人伦社会进入无何有之乡(尽管某一刻确实心存向往),所以他们认为琴声的力量不是将“心”带去另一个世界,而是使“心”之善性生长扩充,进而在人伦世界成就自性。不过,道释之影响虽不足以改变儒者初衷,其精神世界亦为之留下一角自由空间。