蝇蛆转录组学分析及Zn2+对其金属硫蛋白基因表达的影响

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家蝇Musca domestica属于昆虫纲双翅目环裂亚目蝇科,既是一种重要的资源昆虫,也是一种重要的媒介昆虫。因幼虫具有腐蚀性且蛋白质含量高,已被广泛的应用于猪粪、鸡粪、餐厨垃圾等的转化,以及鸡、鱼、虾、蟹、蛙等的养殖。本研究拟通过转录组测序技术研究家蝇幼虫的基因转录情况,评价可用于后续分子生物学研究的内参基因,并筛选出金属硫蛋白基因,明确其对Zn2+胁迫的响应。该研究不仅可丰富家蝇基因资源的研究,对揭示幼虫响应重金属胁迫的机制也具有重要意义。主要研究结果如下:转录组测序共获得了33,810,314 clean reads,一共注释获得了20,073个unigene。在NR数据库中注释,获得了12,079个unigene;在NT数据库中注释,获得了3,727个unigene;在GO数据库中注释,获得了26030个unigene;在PFAM数据库中注释,获得了10,697个unigene;在KOG/COG数据库中注释获得了7,437个unigene;在KO数据库中注释了获得了3,245个unigene。对9个内参基因β-actin、GAPDH、RPS18、EF-1、18S、TUB、AK、HSP70、RPL8进行了不同实验条件下的稳定性评价。结果表明,在不同发育阶段这9个内参基因的稳定性排名为:RPL8>Actin>HSP70>TUB>RPS18>GAPDH>EF-1>18S>AK;不同食物饲喂条件下这9个内参基因稳定性的综合排名为:RPL8>AK>RPS18>Actin>TUB>GAPDH>EF-1>18S>HSP70;在不同饥饿条件下这9个内参基因稳定性的综合排名为:EF-1>TUB>RPS18>HSP70>RPL8>Actin>GAPDH>AK>18S;在不同温度条件下这9个内参基因稳定性的综合排名为:EF-1>TUB>Actin>GAPDH>RPS18>AK>18S>RPL8>HSP70;在不同组织中这9个内参基因稳定性的综合排名为:EF-1>TUB>AK>RPS18>Actin>HSP70>RPL8>GAPDH>18S;Zn Cl2不同浓度处理条件下这9个内参基因稳定性的综合排名为:EF-1>HSP70>TUB>RPL8>Actin>18S>RPS18>GAPDH>AK.鉴定了3个金属硫蛋白基因,并获得了NCBI数据库的登录号KP783493、KP783494和KP783495。这三个金属硫蛋白序列均具有金属硫蛋白的典型特征,低分子量,高半胱氨酸含量(25%以上),不含或者极少的芳香族氨基酸,典型的半胱氨酸排列方式-C-X-C-,X是除半胱氨酸以外的氨基酸。以EF-1和TUB为内参基因,明确了5333.33 ug g-1 Zn2+胁迫下,金属硫蛋白基因的表达量显著高于对照组和10000 ug g-1 Zn2+胁迫组;10000 ug g-1 Zn2+胁迫下金属硫蛋白基因的表达量与对照组没有显著差异。通过本研究,获得了家蝇幼虫的转录组信息,为家蝇的进一步深入研究提供了基础。对家蝇9个内参基因在不同条件下的稳定性进行了评价,为基因定量分析中内参基因的选择提供了科学依据。本文鉴定了3个家蝇金属硫蛋白基因并分析了其中一个金属硫蛋白基因的表达受食物中Zn2+的影响,为进一步揭示家蝇金属硫蛋白对重金属的胁迫响应机制具有重要意义。
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