主体功能区是新世纪中国政府提出的一项重要战略构想，是科学发展观在国土空间开发战略的具体体现，一旦实施，将对我国今后的产业、人口、城镇等要素的空间布局产生深刻的影响。主体功能区规划是主体功能区战略构想实现的途径，主体功能区划又是主体功能区规划的第一步和最重要的一步，而主体功能区划方法则直接关系到主体功能区划的结果，因此对主体功能区划方法的研究意义重大。 本文可以分为主体功能区划的理论研究和实证研究两部分。理论研究主要综述了已有的国内主体功能区相关研究和国外空间规划的研究，并总结了主体功能区划的相关理论，主要包括：可持续发展理论、自然区划理论、经济区划理论。实证部分则是通过对云南省的主体功能区的划分，总结主体功能区划方法。 对主体功能区划方法的研究又可以分为指标体系部分和分区方法部分。指标体系部分主要是通过借鉴可持续发展评价、自然区划和经济区划的指标，并参考中科院地理所研究的省级主体功能区划指标体系，结合云南省实际，提出云南省主体功能区划的指标体系。分区方法部分则是分别采用综合评价、主成分一聚类和主导一综合三种划区方法对云南省的主体功能区进行划分，并通过区划的结果对不同的方法进行比较分析。 经过研究，可以得到以下几点结论：①主体功能区划不是一个纯粹的技术区划，而是技术方法与决策共同作用的区划；②通过对云南主体功能区的划分，主导一综合法比较适用于主体功能区划。③中科院地理所研究的省级主体功能区划指标体系比较科学合理，但指标项具体的计算评价方法需要根据各地实际验算后再确定。