有毒有害物质与微生物间的相互关系一直以来都备受关注，本论文分别从土壤和水环境角度设立了两个子课题。由于目前关于温室种植中，土壤中细菌群落对所喷洒农药的反应的研究报道不多，子课题一直接采用焦磷酸测序法研究了毒死蜱对温室土壤中的细菌多样性的影响，结果发现在喷洒毒死蜱后的第二个采样时间点（第7天），从温室和露天土壤中都检测到，毒死蜱对α-变形杆菌纲(Alphaproteobacteria)、γ-变形杆菌纲(Gammaproteobacteria)以及酸杆菌(Acidobacteria)的亚群1和亚群2都产生了显著影响。在最后一个采样时间点（第28天），露天土壤中毒死蜱对这些细菌种群的影响已经消除，然而，在温室土壤中其影响却进一步加重。同样的，相比温室土壤，露天土壤在第二个采样时间点时显示的OTU丰度(ACE)和丰度评估指数(Chao1)的下降程度较严重;然而，在最后一个采样时间点时显示的丰度下降程度却比温室土壤要轻微，这可能是由于毒死蜱在温室土壤中的持久性较长，导致毒死蜱对温室条件下的土壤中细菌的影响也较为持久。除了研究一种污染物对微生物的影响，我们也研究了一种微生物对污染物的影响。子课题二研究了Shewanellaoneidensis MR-1厌氧生物转化2，4-二硝基甲苯(2，4-DNT)的能力、转化过程和影响因素，结果表明S.oneidensis MR-1能够高效还原转化2，4-DNT为4—氨基-2-硝基甲苯(4A2NT)和2—氨基—4—硝基甲苯(2A4NT)，并将其进一步还原为2，4-二氨基甲苯(2，4-DAT)，黄素能加速转化过程，pH和温度都会显著影响转化速率，该结果为实际环境中硝基苯污染的原位修复提供科学依据。