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侧耳属(Pleurotus)真菌中许多种类与人类关系密切,且具有重要的经济价值。侧耳属真菌种类繁多,起源和进化关系复杂,分类较为混乱,其系统发育关系一直存在争议。随着现代生命科学技术的飞速发展,新方法和新技术不断涌现,并逐步应用到侧耳属的系统发育和分类研究中。本文以传统的形态分类鉴定为基础,采用PCR产物克隆测序和直接测序获得侧耳属27个种或亚种48个菌株的核糖体DNA大亚基(LSU rDNA)和ITS序列,以亚侧耳(H.serotina)、双孢蘑菇(A.bisporus)和香菇(L.edodes)为外群,运用PHYLIP和MAGA软件中的距离法和最大简约法,分别构建了侧耳属系统发育树,以期进一步探讨其系统演化关系,为生产利用和科学研究提供参考依据。根据菌丝体形态可将48株供试侧耳分为5大类:第一类仅包括栎侧耳(P.dryinus);第二类包括P.australis、鲍鱼菇(P.abalones)、盖囊侧耳(P.cystidiosus)、P.cystidiosus var.formosensis、P.smithii 5种侧耳;第三类包括红侧耳(P.djamor)和桃红侧耳(P.salmoneostramineus);第四类为P.lampas;第五类包括其它所有的供试菌株。子实体形态特征观察表明,除P.abieticola、P.euosmus、P.incarnates、P.lampas、P.rattenburyi、哥伦比亚侧耳(P.columbinus)、具核侧耳(P.tuber-regium)等种类的菌株未出菇而不能进行形态观察之外,其它供试菌株均能鉴定到种。基于LSU rDNA序列分析构建的侧耳属系统发育树表明:侧耳属菌株被分为6个主要分支。第Ⅰ分支仅包括P.rattenburyi;第Ⅱ分支包括P.djamor、P.salmoneostramineus、扇形侧耳(P.flabellatus)、贝盖侧耳(P.calyptratus)、金顶侧耳(P.citrinopileatus)和P.euosmus;第Ⅲ分支主要包括P.dryinus和P.tuber-regium;第Ⅳ分支包括Coremiopleurotus组的成员P.abalomus、P.smithii、P.cystidiosus及其变种;第Ⅴ分支只有P.australis;第Ⅵ分支包括刺芹侧耳(P.eryngii)种族群、糙皮侧耳(P.ostreatus)复合群、肺形侧耳(P.pulmonarius)和P.abieticola。糙皮侧耳复合群包括P.ostreatus、灰白侧耳(P.spodoleuces)、P.columbinus、美味侧耳(P.spodoleucus)和佛罗里达侧耳(P.floridanus)组成。系统发育树还表明,Coremiopleurotus组的成员P.australis、P.abalomus、P.cystidiosus、P.smithii可能是一个多系起源的类群。基于ITS序列分析构建的侧耳属系统发育树表明,该系统树自根部逐渐延伸出6个主要分支,分别代表侧耳属6个主要类群。第Ⅰ分支包括P.rattenburyi和H.serotina;第Ⅱ分支仅为P.tuber-regium;第Ⅲ分支包括P.dryinus、P.citrinopileatus和P.euosmus;第Ⅳ分支为Coremiopleurotus组的成员P.australis、P.abalomus、P.smithii、P.cystidiosus及其变种;第Ⅴ分支为P.djamor、P.salmoneostramineus、P.flabellatus、P.incarnates和P.calyptratus;第Ⅵ分支包括P.pulmonarius、P.arbieticola、P.eryngii、白灵侧耳(P.nebrodensis)、P.ostreatus、P.floridanus、P.columbinus、P.spodoleucus、黄白侧耳(P.conucopiae)、P.spodoleucus。在这些类群中,同一侧耳种的不同菌株也能很好的聚在一起。在第Ⅵ分支中,侧耳属菌株又被明显的分为5个类群。即:A类群为P.pulmonarius;B类群为P.arbieticola;C类群为P.eryngii种族群;D类群为P.nebrodensis;E类群为P.ostreatus复合群。相比而言,ITS序列在种间和种内分类鉴定中显示出明显的优势。该系统树还表明Coremiopleurotus组的成员P.australis、P.abalomus、P.cystidiosus、P.smithii可能是单系起源的类群。据此推测,P.fuscus var.ferulae可能就是阿魏菇(P.ferulae)。基于LSU序列和ITS序列构建的侧耳属系统发育树均表明,侧耳属内单系菌丝系统和二系菌丝系统菌株可能是多系起源的。P.calyptratus与P.djamor、P.salmoneostramineus、P.flabellatus关系密切。P.citrinopileatus与P.conucopiae为不同的种。P.lampas与侧耳属其它成员的亲缘关系极远,其系统学位置需重新确定。两个基因树均能准确反映侧耳属菌株的系统发育关系,且两个分子系统树所代表的侧耳属分支类群是基本一致的,所反映的起源与进化关系相同。ITS序列在种间或种内不同菌株间的分类鉴定中相比LSU序列有明显优势。