本研究通过三种策略克隆水稻R基因,即采用候选R基因富集文库克隆野生稻R基因、通过hpRNA介导的基因沉默突变体库克隆R基因和利用野生稻驯化基因克隆R基因。一方面可以为植物基因克隆提供新方法,另一方面可以丰富目前栽培稻R基因的遗传多样性,为抗性育种奠定材料基础。野生稻是栽培稻的野生近缘种,富含R基因,其基因组、基因表达和调控等接近栽培稻。挖掘野生稻新R基因用于栽培稻育种,比利用其它物种的R基因更安全、可靠和便捷。通过采用RecA蛋白介导的文库富集技术筛选野生稻液体基因组文库,本研究构建了库容量分别为4608个的东乡野生稻和16128个的小粒野生稻R基因富集文库。经菌落原位杂交筛选,获得118个候选阳性克隆,其中东乡野生稻候选阳性克隆17个,小粒野生稻候选阳性克隆101个。通过指纹图谱分析,去掉重复,最终共获得80个候选阳性克隆。末端测序结果表明：80个候选阳性克隆中25个可以定位于粳稻相应染色体区段,51个无法在栽培稻上定位。25个可以定位的阳性克隆中15个可定位于粳稻R基因附近或R基因内,可能为新的候选R基因。对获得全序列的7个克隆进行序列分析,结果表明其中5个含R基因的保守结构域,推测可能存在新的R基因。将候选阳性克隆转化粳稻感病品种台北309,共获得1938个转基因植株。分别对758份、1033份和994份转基因材料进行田间白叶枯病原菌接种鉴定,未发现有明显抗性材料。在浏阳病圃对758份材料进行稻瘟病自然发病鉴定,大部分植株高感而枯死,43份转基因材料表现感病4-5级水平,鉴定为中感；在吉首病圃对1033份转基因材料进行了稻瘟病自然发病鉴定,大部分植株高感而枯死,19份材料发病较轻,处于中感水平。将吉首发病较轻的19份材料和93份T1代材料进行稻瘟病自然发病鉴定,吉首发病较轻的19份材料中6份材料表现感病4-5级水平,鉴定为中感；93份T1代鉴定材料中有9份材料发病较轻,处于2-3级感病水平,鉴定为中抗。用RB系列菌株对457份材料进行人工接种鉴定,初步确定转基因材料943对RB19有抗性。对994份转基因材料进行了细菌性条斑病接种鉴定,初步确定转基因材料341对菌株RS105有抗性。hpRNA介导的突变体库可以克服现有突变体库的缺点,在大规模功能基因组研究中具有广阔的应用前景。本研究通过转化RMHR系统建立水稻hpRNA文库,转化台北309创建RNAi突变体库,获得转基因植株211株。通过对突变体库突变表型筛选,获得类病斑突变体R102,序列分析表明对应基因与植物的自然防御有关。在进化过程中,野生稻的许多优良基因丢失,从野生稻驯化基因中克隆R基因可有效利用野生稻得抗性资源。本研究通过分析已有驯化基因的序列,获得两个候选R基因克隆。通过转化获得转基因植株86株。对43份转基因材料进行稻瘟病自然发病鉴定,确定4份材料有抗性。