农村合作医疗制度是由政府组织、引导、支持,农民自愿参加,个人、集体和政府多方筹资,以大病统筹为主的农民医疗互助共济制度。自新型农村合作医疗制度实行以来,该制度取得了一定成效,一定程度上解决了农民看不起病的问题。但在管理上还存在一些问题,特别是新农合基金运行环节的管理存在一些亟待解决的问题。新农合基金运行环节管理主要是指对基金筹集、存储、支付环节的管理。基于新安县的调查分析发现,我国新农合基金运行环节管理筹集环节中存在基金来源单一、筹集渠道窄、筹集成本高、政府财政补助划拨不及时、筹资不公平的问题；基金存储环节存在着参合农民账户余额存在隐患、基金存储总量控制不稳、基金透支的问题；基金支付环节存在着新农合基金的公平性和使用率低、参合农民的不合理行为造成的新农合基金流失、定点医疗机构侵吞新农合基金等问题。究其原因,主要集中在政府责任缺失、管理体制漏洞和道德风险。更新管理理念、完善法律法规、改革基金管理主体、改进基金管理方法和手段、完善相关配套制度是完善我国新农合基金运行环节管理的有效途径。