论文部分内容阅读
研究背景和目的肝细胞肝癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是世界范围内最常见的恶性肿瘤之一。进一步探索研究新的基因功能改变与肝癌发生发展及其恶性特征的关系,对揭示其发生发展的精确分子机制、设计合理的治疗药物及判断预后,进一步提高我国肝癌的治疗水平具有重要意义。微小RNAs(micro RNAs,mi RNAs)是非编码单链RNA,在发育、细胞增殖、凋亡及激素分泌等多种生理过程发挥重要作用。通过与癌基因或抑癌基因结合,调节多种肿瘤发生过程,包括细胞增殖、血管生成、分化和凋亡和耐药性。本研究基于TCGA数据库下载大样本成熟mi RNAs数据构建、验证和评估标志性mi RNAs及生物途径分析。主要分两个部分。第一部分:(1)筛选HCC患者癌组织与癌旁组织mi RNAs及信使RNA(messenger RNA,m RNAs)差异基因;(2)根据统计分析构建标志性mi RNAs的相关Risk score及进行随机分组验证;(4)分析标志性mi RNAs调控网络机制。第二部分:(1)在HCC组织及癌旁组织验证标志性mi RNAs表达情况;(2)在细胞层面对标志性mi RNAs进行验证,探讨其对Hep G2细胞凋亡影响。方法(1)本研究分析的数据从TCGA下载。筛选mi RNAs、m RNAs差异基因。随机将具有完整生存信息和差异表达mi RNA表达谱的样本分为两组(Train组和Test组)。对Train组mi RNAs进行单因素及多因素Cox回归分析获得标志性mi RNAs。根据每个标志性mi RNA乘积及其系数总和建立包含多个mi RNAs预后相关Risk Score。Risk Score=(β1×mi RNA1表达水平)+(β2×mi RNA2表达水平)+(β3×mi RNA3表达水平)+...+(βn×mi RNAn表达水平)。将Risk Score在全组、Train组、Test组中进行验证。根据Cytoscape 3.6.1及其插件确定前10个核心基因。(2)采用实时荧光定量PCR技术在HCC组织及相邻匹配的正常组织验证标志性mi RNAs表达水平。采用流式细胞实验方法观察不同表达的标志性mi RNAs对Hep G2细胞凋亡的影响。结果(1)在Train组中,多因素Cox风险回归结果显示:hsa-mi R-101-3p(HR:0.747,95%CI:0.567-0.985)、hsa-mi R-139-5p(HR:0.727,95%CI:0.591-0.884)、hsa-mi R-516a-5p(HR:1.123,95%CI:1.028-1.227)是HCC患者独立预后的影响因素(P<0.05)。(2)hsa-mi R-101-3p及hsa-mi R-139-5p高表达的HCC患者总体生存率较对应mi RNAs低表达的HCC患者高(P<0.05);hsa-mi R-516a-5p低表达的HCC患者总体生存率较hsa-mi R-516a-5p高表达的HCC患者总体生存高(P<0.05)。(3)在全组、Train组、Test组中的Hgih risk组总体生存率均低于对应组的Low risk组(P<0.05)。相关ROC曲线分析,三条ROC曲线面积均>0.7且差异均具有统计学意义(P<0.05)。Risk Score与HCC患者生存死亡相关模型表明该模型具有临床意义(P<0.05)。(4)mi R-101-3p、mi R-139-5p在癌旁组织中高表达,在HCC组织中低表达,mi R-516a-5p在癌旁组织中低表达,在HCC组织中高表达。(5)过表达mi R-101-3p、mi R-139-5p能促进Hep G2细胞凋亡;过表达mi R-516a-5p能促进Hep G2细胞增值。结论(1)mi R-101-3p、mi R-139-5p与HCC患者预后呈正相关;mi R-516a-5p与HCC患者预后呈负相关。(2)基于mi R-101-3p、mi R-139-5p、mi R-516a-5p构建相关Risk score能区分预后较差的HCC患者且不受临床变量影响。(3)mi R-101-3p、mi R-139-5p是HCC患者抑癌基因;mi R-516a-5p是HCC患者促癌基因。