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本研究应用mtDNA D-loop区段的PCR-RFLP、RAPD以及同工酶技术，检测长江流域的天然草鱼的遗传多样性，并比较了不同群体的遗传差异。1．应用PCR技术对3个群体141尾草鱼mtDNA的D-loop区段进行扩增，用12种核酸内切限制酶酶切。结果显示：扩增出的140尾试验鱼的mtDNA D-loop区段为1.6kbp，监利群体中的1尾为1.8kbp，个体间存在长度变异现象；6种限制酶具有酶切位点，共检测到2种单倍型，其中监利群体中有长度变异的1尾为一种单倍型，另外140尾为另一种单倍型；邗江和九江两群体内的单倍型多样性指数、核苷酸多样性指数均为0，而监利群体内分别为0.0465、0.00180；监利群体与邗江(或九江)群体间Rogers遗传距离为0.0403；x~2检验结果显示三个群体间的遗传差异不显著(P＞0.05)。由此表明草鱼mtDNA D-loop区段的遗传多样性很低。2．使用12种随机引物对长江流域3个草鱼群体进行了RAPD分析。邗江、九江和监利三个群体内的电泳带共有度分别为0.9713、0.9855和0.9560，由高到低依次为九江、邗江、监利，即群体内变异程度由低到高依次为九江、邗江、监利。3个群体间的遗传距：邗江和九江之间最大，为0.0489；邗江和监利之间次之，为0.0483；九江和监利之间最小，为0.0453；三个草鱼群体间的平均遗传距为0.0472。表明3个草鱼群体间的遗传多样性很低。3．在同工酶的研究中，对84尾草鱼(邗江45尾，九江39尾)的8种同工酶的电泳结果进行了分析，在检测到的12个基因座位中，2个座位为多态。邗江群体的多态基因座位为a-GPD~*、GPI-2~*，而九江群体只有a-GPD~*基因座位出现变异。邗江和九江群体的多态座位比例分别为0.167、0.083；邗江和九江群体的平均杂合度观察值分别为0.0204、0.0064；平均杂合度预期值分别为0.0192、0.0062。因此邗江群体内的多样性高于九江群体内。x~2检验结果显示九江群体内的多态基因座位的基因型分布符合Hardy-Weinberg遗传平衡定律，表明了该群体为随机交配的繁殖群体，而邗江群体偏离了Hardy-Weinberg遗传平衡。群体间的x~2检验结果显示GPI-2~*基因座位在群体间的差异不显著，a-GPD~*基因座位在两群体间差异显著。两个草鱼群体间的遗传一致度为0.99928，Nei遗传距为0.00072，表明两群体间遗传多样性很低。