世界各国的发展经验表明政府在农民专业合作经济组织的运行过程中发挥着不可代替的作用。近年来，我国各级政府花费了大量的人力、物力、财力来积极扶持农民专业合作经济组织的发展。这些政府行为有效的解决了农民专业合作经济组织运行中遇到的诸多“瓶颈”问题，促进了我国农业增产，农民增收。但与此同时，由于对自己的职能认识不清、角色定位不准，各级政府在具体的扶持过程中出现了许多行为偏差，在一定意义上影响了农民专业合作经济组织各项功能的发挥。所以，我们必须探寻一种合适的政府干预模式规约政府行为，进而促进农民专业合作经济组织又好又快发展。本文从农民专业合作经济组织的基本理论、政府行为的基本理论和政府与农民合作经济组织关系的基本理论出发，以陕西洛川苹果专业协会模式为实证研究，系统分析了当前我国农民专业合作经济组织发展过程中政府行为的现状与存在的问题，在广泛借鉴美国自发联合型顺向发展模式和日本政府主导型逆向发展模式经验的基础上，就我国农民专业合作经济组织运行中政府行为的职能定位进行全面的分析研究，最终建立一个适合我国具体国情的政府干预模式——农民专业合作经济组织双向契合型模式。这一模式的构建能够有效解决其他模式解决不了的问题，它将政府自上而下的制度支持与农民专业合作经济组织（农户)自下而上的各种需求相结合，主张政府在农民专业合作经济组织的不同发展阶段担任不同的工作，承担不同的角色，最终与农民专业合作经济组织建立一种“无缝隙、分阶段、有重点”的双向互动式关系。这种新型关系能够实现农民专业合作经济组织自身需求与政府外部供给的无缝对接；能够有效解决农民专业合作经济组织建立和发展过程中存在的外部发展环境不完善和外部监督体制不健全的问题；同时，还能够培养出一批素质较高的现代农民，助力于农村的现代化进程和民主化进程。