家蚕MicroRNAs及其靶基因的研究

来源 :中国科学院北京基因组研究所 | 被引量 : 0次 | 上传用户:dindin
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
MicroRNAs(miRNAs)是一类内源性的具有调节功能的非编码单链小RNA,主要通过转录后水平的基因表达调控,对各种生理生化过程起着重要的调节作用,包括生长发育、新陈代谢、疾病以及其他生物学特征的转变等。为了研究家蚕基因组中的miRNAs及其在家蚕发育过程中的调控机制,我们通过计算预测和克隆方法,鉴定了家蚕基因组中的保守的miRNAs和新的miRNAs,并对miRNAs靶基因进行了预测和功能分类;利用stem-loop RT PCR15个保守的家蚕miRNAs进行表达量检测,分析了一些时期偏好性的miRNAs在家蚕发育过程中可能的功能和调控机制,为进一步研究家蚕miRNAs的功能和调控机制奠定理论基础。   利用Srnaloop软件和已知miRNAs的序列和结构特征性筛子,我们一共预测到114个保守的家蚕miRNAs和148个新的miRNAs。然后我们又对14个家蚕发育时期进行了SmallRNAs文库的构建和测序,每个文库随机测序480个克隆,通过鉴定,我们得到了21个保守的miRNAs(包括17个预测的保守miRNAs)和14个新的miRNAs(包括11个预测的新的miRNAs)。分析家蚕保守miRNAs在基因组中的分布,我们发现有6对在昆虫中保守的miRNAs簇,这6对miRNAs簇很可能行使与在其他昆虫中相似的功能。在对克隆到的miRNAs在14个家蚕发育时期分布进行分析,我们发现在家蚕四龄蜕皮期(MLS)miRNAs在种类和数量上都远远多于其他发育时期,暗示miRNAs在家蚕蜕皮期可能起着至关重要的作用。对比克隆的miRNAs序列和预测的miRNAs或相近物种中的同源基因,我们发现有9个miRNAs存在5或/和3端核苷酸在长度上存在差异,bmo-miR-1084存在三种不同的成熟形式,而它们均来自于同一个前体-S147,这种Dicer不精确和选择性的剪切而导致的miRNAs序列差异很可能使miRNAs获得新的功能。   对家蚕基因组中118个保守的miRNAs和克隆到的14个新的miRNAs进行靶基因预测,并对得到的靶基因进行基于Gene Ontology(GO)和KEGG(Kyoto Encyclopedia ofGenes and Genomes)因功能分类,我们发现超过50%的靶基因属于结合蛋白、代谢和细胞过程、酶催化活性相关和细胞相关的基因,大部分参与了氨基酸代谢、糖代谢、信号转导、能量代谢、内分泌、癌症、蛋白质加工和翻译等代谢途径。利用stem-loop RT PCR对15个保守的家蚕miRNAs进行表达量分析,发现其中的8个miRNAs表达量在不同的发育时期变化明显,结合靶基因预测的结果以及家蚕发育阶段的特点,我们筛选并分析了部分miRNAs的靶基因及其在家蚕发育过程中可能的作用机制,为系统的发掘和阐明miRNAs在家蚕发育过程中的调控机制研究提供理论依据。
其他文献
扁蓿豆和青藏扁蓿豆为豆科二倍体多年生牧草,野生扁蓿豆抗逆性强,生态适应性广,广泛分布于我国北方高纬度高海拔地区。青藏扁蓿豆是苜蓿属中唯一能够在青藏高原天然高寒草地中越
在音频功率放大器的市场上,A类、B类和AB类音频功率放大器一直处于统治地位,但这些音频功率放大器具有效率低、功耗大的缺点,并不是理想的音频功率放大器。而D类音频功率放大器
晶圆盘菌属和圆盘菌属都隶属于圆盘菌科,两个属因为能产生捕食线虫真菌的无性型而受到关注。对圆盘菌属及其无性型的研究较多,而对晶圆盘菌及其无性型的研究不够,有必要对其进行
射频识别技术(RFID,Radio Frequency Identification Technology)是一种非接触式的自动识别技术,它通过射频信号自动识别目标对象并获取相关数据,具有比条形码更多的优势,被认为
基站电调天线系统对于移动通信网络有举足轻重的作用。移相器作为实现天线电调功能的关键元件,是电调天线的重点研究对象。机械移相器可以分成介质移相器、滑动式移相器和指针
随着技术的发展,嵌入式系统已经在我们的生活中无处不在。嵌入式系统是计算机软件和硬件的综合体。开发一个嵌入式系统包括硬件平台,操作系统,以及开发软件的选择。一般的嵌入式
近年来,先进的集成电路技术的发展使得设计方法也日新月异。从亚微米到深亚微米,从ASIC到IP然后到SOC,设计方法也从传统的设计方法转为利用各种CAD工具的层次化的设计方法。
现有研究显示,NK细胞功能损伤与抗肿瘤免疫应答缺陷密切相关。然而在肝癌病程进展过程中,NK细胞是否出现功能损伤以及相关的机制目前还不清楚。本研究对110例肝癌病人外周血NK
随着人类社会进入21世纪,社会的发展和科学技术的进步使人类对信息的需求越来越多,用光子作为信息的载体,采用光通讯将是下一代通讯的解决方案。完整的硅基光电单片集成需要实现
随着集成电路工艺技术的发展,器件特征尺寸越来越小,芯片规模越来越大,为整个系统的芯片集成提供了可能。至今,系统芯片(System-on-a-Chip,SoC)已经逐渐成为集成电路设计的主流。