随着当今社会全球化经济的不断发展,科学技术的发展日新月异,我国高新技术企业如何在面对严峻国内外竞争的局面中立于不败之地,是当前高新技术企业应该思考的问题。当前,我国的高新技术企业通常采用提高资源配置效率,加速技术创新或是缩减产品开发周期等手段以解决当前所面临的竞争。高新技术企业依赖于新产品、新技术、新工艺的研发和利用,也就是说科学技术的创新是高新技术企业生存的前提,科学技术的发明创造的缺失使得高新技术企业缺失存在的基础。高新技术企业的高速成长性使得企业必须开发出能够满足市场需要的新产品,借其优越性能和和技术特点的高新技术产品快速进入市场,从而使得企业能获得很多经济效益。本文通过对国内外企业内部控制经典理论的综述,分析了国内外相关理论的发展现状。针对国内外经验和启示,分析了我国高新技术企业特点和内部控制现状,并以长春禹衡光学有限公司作为案例,列举禹衡光学研发过程内部控制存在的问题并进行分析,提出禹衡光学建立内部控制体系的必要性；针对禹衡光学研发过程中的风险识别和控制优化提出可行性方案；重点论述内部控制目标和原则、研发流程风险识别、研发内部控制措施及其流程优化和内部控制评估等相关内容。本文在探讨研究国内外相关研究成果,长春禹衡光学有限公司为高新技术企业案例的研发内部控制相关理论作为分析基础,识别内控过程存在的风险,并提出内控措施其优化方法,得出以下结论：(1)高新技术企业的发展依赖于新产品、新工艺、新技术的创新,研发活动成为企业战略的核心内容。(2)高新技术企业发展处于高速发展时期,外部竞争条件激励,内部控制制度及执行力不足,研发活动潜在风险高,需要有效的内部控制管理。(3)高新技术企业研发流程风险环节为立项风险、技术风险、管理风险、开发保护风险、系统环境风险等。(4)研发风险识别方法可以采用SWOT等定性分析法和统计学中的趋势分析、因素分析等定量分析法,确保建立指标体系数据的准确性。(5)研发内控管理可以按照流程细分逐层管理,将系统管理分解为目标管理模式。(6)研发内控管理是持续过程,内部控制反馈评估要及时准确。此外,本论文以禹衡光学的研发为案例讨论我国高新技术企业研发内控管理体系和方法等内容,虽然有代表性,但是不能涵盖所有问题,个别企业因地域、行业、政策以及企业的自身特殊可能存在较大研发内控问题,不能一概而论,需具体问题具体分析具体对待；由于能力水平和时间有限,就国外理论和我国实际情况分析不透彻,研究范围及深度具有影响；本论文主要以分析研发流程为线索,存在一定的局限性。