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目的:人类免疫缺陷病毒(HIV)是引起获得性免疫缺陷综合征(AIDS)的病原体,近年来,全球HIV流行范围越来越广,病毒亚型种类越来越复杂。同样,中国也面临越来越复杂的HIV-1遗传多样性。在中国,流行的主要亚型包括B亚型、CRFs_BC(包括CRF07_BC、CRF08_BC和一些URFs_BC)以及CRF01_AE(它们共占所有感染的大约94.9%)。虽然这些亚型在不同的高危人群中所占优势不同,但是几乎每种高危人群中都能检测到所有亚型或流行重组型,这种现象为不同亚型或流行重组型之间发生重组提供了机会。我们最近在江苏省男同性恋人群(MSM)中发现B亚型、CRF01_AE和CRFs_BC具有几乎相同的流行比例(＞28.6%),这表明亚型或流行重组型之间发生重组的可能性很高。本文试图在江苏省高危人群中寻找新的重组型病毒,并且探讨其起源。方法:使用巢式PCR的方法获得HIV-1的gag-RT、p17、C2V3区域或基因组全长序列,并对其进行系统发生分析或者重组分析。结果:我们测定江苏一组流行病学相关的静脉吸毒人群(IDU)中的HFV-1gag-RT序列,并对其进行重组分析,发现14份样品中有13株病毒属于CRF07_BC,另外一株(命名为07JSNJ001)显示为CRF01_AE和CRF07_BC重组病毒。测定并分析07JSNJ001近全长基因组序列(GenBank登录号FJ238521)显示,该病毒由10段相互间隔的CRF07_BC和CRF01_AE片段组成,其重组图谱与国际上已经鉴定的重组型均不相同,是一个全新的HIV-1重组病毒。此外,通过p17和C2V3序列的系统进化分析,我们在江苏省无锡市发现一名感染HIV-1CRF01_AE的男性静脉吸毒者(命名为07JSWX045)。测定并分析该CRF01_AE病毒的近全长基因组序列(GenBank登录号FJ441290),发现:(1).07JSWX045在遗传学上与江苏省发现的CRF01_AE/07_BC重组中的CRF01_AE部分不具有相关性;(2).07JSWX045在系统发生上与江苏省男同性恋人群中流行的CRF01_AE病毒株接近;(3).07JSWX045和参与CRF01/07重组的CRF01_AE亲代病毒在系统发生学上分别与福建省流行的两个CRF01_AE亚群聚类在一起;(4).病人JSWX045没有接受过任何抗病毒治疗,但耐药分析发现其HIV-1逆转录酶基因中有两个关于AZT耐药的突变,这为研究江苏省CRF01_AE病毒株的流行起源和分子特性提供了有价值的生物信息学位点;(5).病人JSWX045有静脉吸毒和异性接触两种高危行为,这提示他可能通过异性接触首先感染CRF01_AE,然后通过静脉吸毒注射将该亚型传播给其他人。结论:本文发现并鉴定了国际上首例HIV-1 CRF01_AE/07_BC新型重组病毒,并在寻找该病毒起源的过程中发现江苏省一名静脉吸毒者的CRF01_AE病毒。该病毒与CRF01/07的起源无关,与江苏省男同性恋人群中流行的CRF01_AE亲缘关系较近。该CRF01_AE病毒和CRF01/07中的CRF01_AE部分分别与福建省两个CRF01_AE亚群亲缘关系较近。这些结果说明江苏省具有较高的新型病毒产生的可能性,并至少有两群遗传上相互独立的CRF01_AE病毒流行,并且可能由福建省传入江苏,预示了加强江苏省HIV-1分子流行病学调查的必要性。