“十三五规划”以来,高新科技企业对国民经济的发展做出了巨大的贡献,已经实现了“走出去”的目标,伴随着大数据时代的到来,迎来了高科技行业发展的黄金时期。我国政府顺应时代潮流出台了一系列政策来支持高新技术企业的发展,其中税收优惠政策大大减轻了高新技术企业的负担,使该类企业有更多的资金投入到研发创新中;但是,我国高新企业在迅速发展的同时也滋生了长期的行业问题:重视研发生产却轻视内部管理,重视财务会计忽视税务管理。由此导致我国高新技术企业出现了普遍性的问题:一方面税务管理过于简单,另一方面税务风险的产生加重了企业的税负负担。因此,我国高新技术企业应当在加紧研发的同时,关注企业的税务风险内部控制体系的建立,帮助企业在稳健中发展。企业的税务风险管理研究在我国起步较晚,目前都是基于对COSO框架以及2009年国家税务总局出台的《大企业税务风险管理指引》的理解为理论指导,在目前很多高新技术企业审计风险管理中,尚未把税务风险纳入审计风险管理中,导致企业对税务审计的忽视,然而税务机关并未放慢对税务稽查的进程,从各大新闻媒体了解到的税务丑闻事件源源不断,据国家税务总局数据显示,2018年度全国共查处涉嫌虚开增值税发票企业108970户,定性对外、接受虚开增值税专用发票及其他可抵扣凭证582.5万份,涉案税额1108.93亿元,税务风险应当引起企业管理者的关注。而高新技术企业的税务风险有其特殊性,从认定管理到优惠政策的利用到研发成本的转让定价经常成为税务机关稽查的重点,所以高新技术企业税务风险内控管理更值得学者的关注和研究。本文采用了案例分析法、文献研究法和实地调查法等多种方法来研究我国高新技术企业的税务风险内部控制管理问题。首先,对我国高新技术企业进行了总体的状况概述,包括我国高新技术企业的定义,发展现状,存在的税务风险问题以及内部控制问题,其中重点说明了我国高新技术企业的税务风险问题,比如未通过高新资格复审的税务风险、未能充分利用税收优惠的税务风险、未能恰当会计核算引起的税务风险、企业关联交易及转让定价的风险;然后选择了W企业作为案例,分析其存在的具体税务问题,根据W企业近几年被税务机关稽查情况以及最近一次IPO失败的事件,剖析其被征收巨额滞纳金、证监会怀疑财务数据造假的税务管理问题,依据W企业相关资料剖析并预测未来出来税务问题的风险点;最后对我国高新技术行业依据COSO框架理论提出建议和对策,并以W企业为例,给出了具体的建议。