科学和技术领域的研究合作在过去几十年中急剧增加。科技政策制定者逐渐意识到多机构合作能够在大规模的、政府集中拨款的重大研究项目中发挥重要作用。各类研究机构也越来越积极地参与到科研合作中,通过知识、技能、经验的聚集来寻求创新的机会和成功解决问题的可能性。尽管跨组织科研合作越来越多地获得政策、资金支持和学术界的关注,但合作过程的长期性和复杂性、合作过程中的知识协同、合作过程中的网络演化、合作过程有效性的评价等重要问题仍然没有得到清晰、深入的阐释。本文在国内外现有研究基础上,综合使用了多种理论和方法,对面向重大项目的跨组织科研合作过程进行了深入研究,不仅丰富和完善了跨组织科研合作的相关理论,也为科研实践、科技管理和科技政策的制定提供了借鉴。首先,提出了跨组织科研合作的概念和内涵,分析了跨组织科研合作过程的本质和特征。第二,分析了跨组织科研合作过程的动态性和复杂性,将跨组织科研合作过程划分为合作创建、合作形成、合作保持、合作收尾四个前后相继的阶段;借鉴资源依赖、交易成本、组织学习等理论提炼出了各个阶段的关键活动,揭示了科研组织之间合作行为、合作关系的变化过程。第三,从组织间对偶关系的视角出发,研究了跨组织科研合作过程中的知识协同机理。明确界定了跨组织科研合作中知识协同的内涵,归纳了其主要特征;基于协同学的序参量理论,将关系性吸收能力识别为知识协同的序参量,分析了其形成演化的过程和机理;建立了跨组织科研合作中“场”的运转分布模型,剖析了单个“场”内部的知识协同微观过程,利用自组织临界性理论,构建了“场”系统由局部知识协同向整体知识协同演进的过程模型;对某重大科技专项课题中的知识协同进行了案例分析。第四,研究了跨组织科研合作过程中组织间网络的生成与演化。探讨了跨组织科研合作过程中组织间网络的生成,揭示了网络的本质属性;分析了组织间网络演化的三类主要影响因素:知识互动模式、合作主体特征、合作成本,并从它们的综合作用中提取出网络演化的四类动力:网络稳定力、网络跃迁力、显性推力、隐性推力;阐释了组织间网络在四类动力作用下各个演化阶段的内涵;通过某973项目组织间网络的实例分析,从网络整体结构和节点角色演变两个角度,揭示了网络演化的阶段性特征和路径依赖特征。第五,基于有效性相关理论,提出了跨组织科研合作过程有效性的概念。在文献梳理和深度访谈的基础上构建了包含合作基础、合作规则、合作内容、合作结果4个维度和12个子维度的跨组织科研合作过程有效性的结构体系;通过问卷调查、探索性因子分析和验证性因子分析对此结构体系进行了实证检验,结果表明,跨组织科研合作过程有效性是一个含有三阶维度的复杂构念。最后,以跨组织科研合作过程有效性的三阶维度结构作为评价体系,分析了各级评价指标的内涵;针对科研合作的运行过程难以被外部观察者所感知的特点,确定了内部参与者视角作为评价视角,采用了多主体协作式综合评价方法,并通过实例分析验证了评价方法的可行性和适宜性;分别从评价体系的四个维度出发,提出了跨组织科研合作过程有效性的提升策略。