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目前中医药的传统知识和现代研究积累了众多的数据，对中药、方剂、证候的数据整合和信息分析是中医药现代化研究的一个重要课题。本文主要针对这一重要问题开展中医药数据库构建与分析研究。本文首先结合了中医药数据的特点，在前期建立的中医药生物信息数据库（HerbBioMap1.0）的基础上，参考多种中医药数据库、生物信息数据库的设计方法，设计了一套中医药关联数据库（HerbBioMap2.0）。收录了包括中药成分、中药、中药方剂、中医证候等多种数据，并且整合了现代医学的一体化医学语言系统（UMLS）数据信息。其次，在构建完成数据库后，本文设计了用于中药成分分析的最小集合覆盖算法，建立了一组特定中药成分与有关中药方剂的关联，适用于分析中药方剂组方及其核心中药。接着本文从临床表型上对中医证候和UMLS进行了关联分析，对于特定的中医证候，能够在一定程度上得到其相关的西医UMLS词表条目。最后本文运用HerbBioMap2.0数据库以及本实验室建立的中药网络药理学平台算法，对871首类风湿性关节炎中药处方进行了分析，得到了这些处方的核心中药网络，并分析了核心中药网络在处方中的作用。本文的主要工作包括以下方面：1.基于中医药数据特点设计了关联数据库，研究了中医药数据预处理方法。设计了基于HerbBioMap2.0的中医药数据库全文搜索，对中药、中药化学成分、中药方剂、中医证候的数据进行集成。2.采用最小集合覆盖算法来分析中药成分，通过富集度概念和差异度概念分析了四君子汤等方剂的数据特点。3.本文对中医证候标准和一体化医学语言系统（UMLS）之间关系进行了分析，并在心阳虚（不足、亏虚）证等代表性证候中进行了应用。4.利用HerbBioMap2.0数据库和网络药理学分析方法，对871首类风湿性关节炎中药方剂进行分析，从中药成分、核心中药网络等角度考察了这些方剂的特点。