研究生教育的收费标准是关系到我国研究生教育收费改革的重大问题。高等教育成本分担理论是研究生教育实行收费的理论基础,研究生生均培养成本、居民的可支付能力和接受教育的收益率则是影响研究生收费标准制定的主要因素。对我国十所教育部直属高校研究生生均成本进行测算,并通过相关指标的比较分析后得出以下结论:从成本角度来看,校均博士研究生的生均教育成本高于硕士研究生;东部高校研究生的生均成本低于中、西部地区。从居民对研究生学费的承受能力看,我国现阶段研究生高学费与广大居民承受学费的能力之间的矛盾是尖锐的,我国东部地区的居民支持研究生学费支付的能力比中、西部强,城市居民承受学费能力比农村居民强。从国家的财政支持力度看,对硕士研究生的财政支持力度略大于博士研究生。从研究生学费占生均成本的比例看,十所高校的研究生学费都有不同程度的偏高。从高校的地域差异看,东部地区高校博士生收费占生均成本比例高于中、西部地区,而硕士生的收费则相反。东部地区高校研究生学费平均值高于中、西部地区。从高校的类别看,农林类高校研究生收费标准明显低于其他类别的高校。综上所述,我国教育部直属高校研究生教育收费要综合考虑多方面因素,实行差别收费。我国的研究生收费改革还应加强研究生教育收费的理论研究,充分发挥政府和高校的职能以及完善研究生资助制度。