蛋白质标记是蛋白质的结构、功能及其相互作用研究中必不可少的工具。现今，随着蛋白标记技术的不断发展和成熟，多位点特异性标记蛋白质方法在生命科学多个领域有着广泛应用，尤其是在研究蛋白质动态构像以及动力学分析中起到了重要作用，例如单分子荧光共振能量转移(smFRET）。为实现蛋白质多位点特异性标记，目前已经发展了多种基于化学和/或分子生物学的蛋白质标记方法，但是各自都存在自身的缺陷，不能很好地实现蛋白质多位点特异性标记。　　蛋白质反式剪接技术（protein trans-splicing）的发展为蛋白质的标记开辟了新途径。蛋白质反式剪接反应是由断裂蛋白质内含子（split-intein）介导，断裂蛋白质内含子在蛋白质内含子内部区域特定位点发生断裂，形成N-端蛋白（IN）和C-端蛋白（IC），分别由基因组上相距较远的两个开放阅读框（open reading frame，ORF）编码。在蛋白质翻译后成熟过程中，IN和IC相互识别，重建催化活性中心，催化反式剪接反应发生。蛋白质外显子（exteins）通过肽键相连接，形成成熟的蛋白质，IN和IC在蛋白质成熟过程中自我剪切下来。　　现今利用断裂蛋白质内含子介导的蛋白质反式剪接已经实现蛋白质的N和 C端的单一特异性蛋白质标记，Yang等人2009年实现了蛋白质两端的特异性标记。本论文利用两种不同的断裂蛋白质内含子同样实现蛋白质两端的特异性标记，相比已有的标记方法有许多优越性，并且实现蛋白质两端特异性同时标记，方法优于yang实验室的蛋白质两端特异性标记方法。　　本课题选取 SG-S1、SX-S1、TX-S1和 TE3-S11断裂蛋白质内含子，其中 S1型断裂蛋白质内含子的N端仅含有12个氨基酸， S11型断裂蛋白质内含子的C端仅含有6个氨基酸，用于重组蛋白质 N末端或 C末端荧光染料标记。将S1型断裂内含子 C端和 S11型断裂内含子N端分别与靶蛋白diUb的N端和C端融合，形成M端前体蛋白；荧光染料FITC标记S1型断裂内含子N端，形成N端前体蛋白；荧光染料Alexa594标记S11型断裂内含子C端，形成C端前体蛋白。化学方法合成荧光标记的N端前体蛋白，利用 Ni2+-NTA纯化得到 M端前体蛋白和 C端前体蛋白，筛选合适的M端前体蛋白。N端前体蛋白、M端前体蛋白和 C端前体蛋白按摩尔比1：1：1进行反式剪接反应，通过优化反应条件和 C端前体蛋白优化反式剪接反应，通过荧光扫描、SDS-PAGE和质谱检测技术，检测是否产生两端特异性标记蛋白产物。　　研究结果表明，本文实现了蛋白质两端特异性同时标记。相比已有的标记方法，具有特异性，通用性、操作简捷等优点。开辟了新的蛋白质多位点特异性标记方法，使蛋白质标记不再局限于传统的氨基酸特异性标记。在蛋白质工程和蛋白质构象动态学研究中有着潜在的应用价值。