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背景和目的：胃食管反流病（Gastroesophageal Reflux Disease，GERD）患者是长期服用质子泵抑制剂（Proton Pump Inhibitors，PPI）的主要人群，而质子泵抑制剂可能会影响胃肠道微生态，增加胃肠道细菌过度生长和艰难梭菌感染风险，但缺乏系统研究，特别是基于高通量测序技术的相关研究极少。本文首次利用高通量测序技术，对长期服用质子泵抑制剂的胃食管反流病患者胃黏膜及粪便微生态进行系统研究。 方法：2013年06月至2014年08月，在我院内镜中心及门诊对符合纳入标准的胃食管反流病患者分成未服用质子泵抑制剂组（G1）、服用质子泵抑制剂2个月到1年组（G2）和大于1年组（G3），并募集匹配的健康对照人群组（H）。收集各组研究对象的胃黏膜活检样本和/或粪便样本，通过16S-rDNA高度可变区V4区高通量测序和生物信息学技术对胃黏膜和粪便样本的微生态分别进行比较分析。 结果：共收集40例研究对象的胃黏膜活检样本（G1=10，G2=10，G3=10，H=10）和55例研究对象的粪便样本（G1=15，G2=10，G3=15，H=15），各组间年龄、性别和体重指数均无显著差异（P＞0.05）。?胃黏膜微生态分析显示：G1、G2、G3的OTUs显著大于H组（P＜0.05）；多组间两两比较统计结果显示Chloroflexi（绿弯菌门）和Nitrospirae（硝化螺旋菌门）在H组的相对丰度显著小于G1、G2、G3组（P＜0.008），而在G1、G2、G3三组之间则无显著区别。Crenarchaeota（泉古菌门）和Euryarchaeota（广古菌门）在健康对照组的相对丰度显著小于G1组（P＜0.008），而与G2、G3组则无显著差异。Crenarchaeota（泉古菌门）在G1组的相对丰度显著大于G2、G3组（P＜0.008），Euryarchaeota（广古菌门）在 G1组的相对丰度也显著大于G3组（P＜0.008）。G2组和G3组在门水平则无统计差异细菌；Helicobacter（螺杆菌属）在H组的相对丰度显著高于G3组（P＜0.008），而与G1、G2无统计差异。Pseudomonas（假单胞菌属）、Herbaspirillum（草螺菌属）在G3组的相对丰度显著高于G1组（P＜0.008），而与G2组无统计差异。Pelobacter（杆菌属）、Desulfuromonas（除硫单胞菌属）在G2、G3组的相对丰度显著低于G1组（P＜0.008），而显著高于健康对照组（H）（P＜0.008）。G2和 G3组在属水平没有显著差异细菌。非权重PcoA、ANOSIM和MRPP分析显示G1、G2、G3三组群落结构多样性与H组可显著区分开，并且G1组与G3组的群落结构多样性也可显著区分开。?粪便微生态分析显示：G1、G2、G3的OTUs显著小于H组（P＜0.05）；多组间两两比较统计结果显示 Verrucomicrobia（疣微菌门）、Crenarchaeota（泉古菌门）、Acidobacteria（酸杆菌门）等在H组的相对丰度均显著大于G1、G2、G3组（P＜0.008）。Cyanobacteria（蓝藻门）、Spirochaetes（螺旋体门）在G3组的相对丰度显著低于H组（P＜0.008），而与G1、G2组无统计差异。G2和G3组在门水平无统计差异细菌；Dorea、Halomonas（嗜盐单胞菌属）在H组的相对丰度显著大于 G1、G2、G3组（P＜0.008）。Turicibacter、Clostridium（梭菌属）在G2、G3组的相对丰度显著大于健康对照组（P＜0.008），而在G1组的相对丰度也大于健康对照组但无统计差异。Haloarcula（盐盒菌属）在G2组的相对丰度显著高于G1组（P＜0.008），在G3组的相对丰度也大于G1组，但无统计差异。Rothia（罗氏菌属）在 G2组的相对丰度显著高于 G1组（P＜0.008），但在其他组之间无统计差异。G2和G3组在属水平没有显著差异细菌。 结论：胃食管反流病未服用及服用质子泵抑制剂的患者胃黏膜和粪便微生态物种丰富度和群落结构多样性与健康对照人群均有显著差异；服用质子泵抑制剂大于1年的患者胃黏膜微生物群落结构多样性与未服用者也有明显区别；未服用质子泵抑制剂的患者与服用者的粪便微生物群落结构多样性则无明显差异。提示胃食管反流病可能会对患者的胃黏膜及粪微生态产生影响，长期服用质子泵抑制剂也会影响患者胃黏膜微生态群落结构多样性。